我国的改革开放发端于农村土地制度的变革，而实行家庭承包经营制是土地制度变革的主要内容。它确立了农户在农业生产中的主体地位，赋予了农户极大的生产自主权和决定权，从而激发了农民的生产积极性，不仅促进了农村和农业发展，也为中国社会的发展注入了源源不断的活力。理论和实践充分证明，家庭承包经营制是最适合农业生产特点的经营形式。然而这一制度在一些地方，正面临挑战，使中国未来的粮食安全面临制度风险。
家庭经营是调动农民生产积极性，保障国家粮食安全的制度基础，但一些地方盲目推行土地“规模化”经营，搞所谓“高效农业”，减少粮食种植，威胁粮食安全。
家庭经营作为农业生产的普遍形式是由农业生产特点和家庭特点所决定的，农业劳动的季节性、综合性、高度的灵活性和经验性，与家庭成员之间的无私性、高度的责任感和自觉性相吻合。只要农业生产特点不变，家庭经营的适应性就不会变化。因此，家庭经营成为调动农民生产积极性，保障国家粮食安全制度设计的重要基础。
但是，一些人夸大了家庭经营制度的弊端，甚至对农户经营农业的适应性提出了质疑。如有观点认为，我国的土地承包制度难以与土地规模经营相适应，从而阻碍了农业生产效率的进一步提高。不少的地方政府也借此为由，为促进土地规模经营出台了种种措施，甚至出现违背农民意愿，强征农民土地进行所谓“规模化”生产。有些地方还强迫农民搞“反租倒包”，承包者以所谓“高效农业”的名义，千方百计改变基本农田的功能，减少粮食种植，威胁粮食安全。
农民是农业生产经营的主体，然而一些地方千方百计把农民与土地分裂开来，热衷推行工商资本到农村租赁土地，挫伤农民的积极性，对农业生产已构成威胁。
家庭承包经营制的一个基本原则是坚持农民在农业生产中的经营主体地位，十七届三中全会明确指出要“赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权，现有土地承包关系要保持稳定并长久不变”。然而一些地方千方百计把农民与土地分裂开来，改变农民在农业经营中的主体地位，鼓励工商资本到农村租赁土地，不仅挫伤了农民的积极性，也对农业安全构成威胁。
温家宝总理在《中国农业和农村的发展道路》一文中指出，“国家鼓励工商企业为农户提供产前、产中、产后服务，不提倡工商企业大面积、长时间直接租种农户的土地。”工商资本的逐利性决定了工商资本承包土地、经营农业存在四个风险：
第一，对工商资本自身带来的经营风险，工商资本经营农业(特别是种植业)面临生产成本高、难以化解自然风险等问题，其结果导致经营困难或破产，往往需要政府的更高支持才能维持。
第二，减少复种指数。工商资本的逐利特点，决定了必然从利益最大化出发，水稻种植从双季稻变为单季稻，两熟种植变一熟种植，从而增加利润但减少了粮食产量。
第三，掠夺地力。工商资本经营农业与农户相比具有短期性行为，难以保证土地的永续利用。它所关心的是土地能不能在最短时期内创造出更多利润，很难对土地进行长期投入，大都采取掠夺式经营。作为具有生命体特征的土地，如果得不到持续性的精心保护和合理利用，就会大大降低土地的生命周期。
第四，破坏农业的多功能性。农业不仅具有生产功能，而且还有维护生态平衡、维系传统文化、保障就业以及教化人性等公益性功能。而农业的这些功能只有与农民结合为一个整体才能得以完整呈现，任何一个功能的缺失都影响其它功能的发挥。追求利润最大化的本性，决定了工商资本往往将采取一切手段追逐农产品(11.89，-0.29，-2.38%)的高产出、高利润，而难以顾及到农业的其它功能，结果致使农业多功能丧失，最终会导致农业的生产功能退化，影响粮食生产。此外，工商资本割裂了农民与生产对象紧密的利益关系，被雇佣的农民失去了生产的责任感，管种不管收的心态加剧了农业抵抗自然灾害的脆弱性。
当前，违法占地屡禁不止，用途监管困难重重，“占补平衡”占优补劣，给基本农田保护增加了困难和阻力，威胁粮食安全。
土地是最基本的农业生产资料，保护耕地是我国长期的基本国策。我国实行最严格的耕地保护制度。早在1998年我国就施行了《基本农田保护条列》，各地也规划了基本农田保护区。2004年新修的《中华人民共和国土地管理法》中明确规定“国家实行土地用途管制制度。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护”。然而近些年，城市化加剧了地方用地紧张，给基本农田的保护增加了困难和阻力。
