“十二五”水污染物总量控制首次把农业源纳入总量控制范围。目前，面广量大的畜禽养殖污染已经成为农业污染的主要来源，加强畜禽养殖业管理应成为农业污染减排的重要课题。
农村畜禽养殖业污染主要表现在:养殖非规模化、分散化和高度密集化，废物难收集、难处理，且废物产生量超出农村处理和合理使用的能力，对区域环境容量带来很大的压力;养殖场基本无污水和废渣处理设施，只是人工清理后随意堆放，没有起到堆肥的应有效果，反而常因雨水等原因造成二次污染。
同时，在畜禽养殖业污染治理上，还存在许多问题，如相关法律法规不完备、地方政府管理错位、业主环境意识不足等。
笔者认为，加强畜禽养殖业污染减排是一项经济效益、社会效益和环境效益有机结合的综合性工作，迫切需要从法律、行政、经济、技术等方面进行规范、引导，多措并举，多管齐下。
一是完善法律，从严管理。国家有关部门要本着发展与保护并重、同步的原则，建立健全畜禽养殖污染防治法律法规体系，对畜禽养殖特别是非规模养殖场作出相应规定，促进其更加健康、可持续地发展。各地应在执行《畜禽养殖污染防治管理办法》的基础上，结合实际，制定地方性补充规定，明确养殖业主应尽的职责和义务，设定相应的违规处罚办法，使管理者有法可循，努力形成科学、规范的生态环保型饲养模式。
二是科学规划，合理布局。各地要结合新农村建设和城乡一体化配套改革，统一规划农业生产区和生活区，统一规划畜禽养殖小区，改变农村人畜混居的现象。要根据养殖场周边农田对畜禽粪便的消纳量和综合利用情况，确定养殖规模。对超出环境承受能力的养殖区要落实禁、限养措施，养殖场点尽量远离城区和居民集中生活区，水源保护区范围内禁止建设规模化养殖场，规模养殖场与居民区要设定卫生防护距离。
三是规范管理，建立机制。政府各相关部门和镇村要加强协作，齐抓共管。镇村基层组织要把好第一关，在管理上、技术上以及养殖场地的建设上逐步深化畜禽养殖污染防治工作。对规模养殖场，应督促业主按照环境影响评价的要求，建设符合国家标准的污染防治设施;对有一定数量但没有达到规模养殖数量的养殖场，要督促其办理建设项目环境影响登记表，对不按要求登记的养殖场，乡镇政府要在用地等方面给予限制。地方环保部门要严把审批和验收关，对防护距离和治污设施达不到要求的禽畜养殖场不予审批和验收。
四是突出重点，循环利用。要把规模化养殖作为畜禽养殖污染减排的突破口，积极引进和革新养殖技术，走无污染、零排放的养殖新道路，在整个农业生态系统构建合理的产业链条。产业化的前提是规模化，但产业化不仅是简单的养殖规模化，还需要将养殖废物的资源化和能源化利用纳入其中。因此，必须找到种养业上下游产业的链接扣，建设废弃物资源化、能源化利用工程，打造立体、生态、种养结合的养殖模式，实现农业生态系统内的物质良性循环、能量多级传递和高效利用。
五是加大投入，有序减排。对已存在的规模畜禽养殖场，要坚持“谁污染谁治理”的原则，要求其加大投入，限期完成污染治理设施，确保达标排放。对没有达到规模的畜禽养殖场，可以采取两种方式处理:一是限期治理。若在规定期限内治理不达标即予以取缔，以彻底消除畜禽养殖废物排放;另一种是集中治污。将分散的非规模养殖场集中起来，使养殖场壮大形成规模，把分散投入的治理资金集中用于安装污染治理设施，切实实现污染减排。
