尚未成为承担涉农项目的主体。近年来，支持农民专业合作社的项目有所增加。前不久，农业部联合财政部、发改委等6部门出台了《关于支持有条件的农民专业合作社承担国家有关涉农项目的意见》，但还没有得到很好落实。据了解，目前许多农业项目尚未将有条件的农民专业合作社纳入申报范围。
税务问题亟待解决。一是税务登记类型五花八门。有的合作社登记为有限责任公司，有的登记为合伙公司，有的登记为集体企业，基本是往公司、企业类靠。二是税收政策须进一步梳理完善。发达地区的合作社基本是免税的，但在欠发达地区一般要向合作社征税。农民反映，不办合作社时不用纳税，加入合作社后生产的产品没变，反而要纳税。三是没有全国统一的合作社产品销售发票。有的合作社通过与超市的对接把产品销售到大中城市，但由于没有全国统一的合作社产品销售发票，超市企业所在地的税务部门不按规定减免超市企业的增值税，合作社产品销售受到影响。
应当采取的对策
目前，农民专业合作社正处在加快发展的关键时期。根据实际情况和存在的问题，促进农民专业合作社快速稳定发展，需要有针对性地采取措施。在实践中，应注意处理好以下几个关系。
发展与规范的关系。坚持“顺势而为、循序渐进”的原则，对于运行不规范的合作社不能强制取消，只能通过经济政策、典型示范、惠农措施等手段引导其规范发展。
扶持合作社与扶持龙头企业的关系。在继续给予龙头企业项目支持的同时，加大对农民专业合作社的项目支持力度，鼓励和支持农民专业合作社特别是示范社承担支农建设项目。针对农民专业合作社的特点设置一批支农项目，如农民科技培训、农业技术推广、设施农业、标准化畜牧小区、冷链系统与加工等。
扶强与扶弱的关系。坚持“不同阶段的合作社，帮扶重点不同”的原则，认真研究不同发展阶段的合作社的不同需求，采取相应的帮扶措施。
农民专业合作社与农村其他集体经济组织的关系。农村其他集体经济组织，如村集体经济、农业技术服务协会、农机服务合作组织等，都是根据农业生产和农村经济发展需要、通过合作的形式把生产要素组织起来、为农民和农业生产提供服务的组织形式，同农民专业合作社一样，都是现代农业建设所不可缺少的，都在不同的生产关系载体中发挥着重要作用。各地应根据农村经济和农业生产的实际需要，选择适宜的组织形式。国家在政策上都应给予扶持和引导，最广泛地调动广大农民的积极性。
参与扶持指导的各个部门之间的关系。从各地情况看，财政、金融、农业、工商、税务、商业等部门和科协、供销社等系统在促进农民专业合作社发展中都做了大量工作，但相互之间的协调沟通还相对欠缺。在这个方面，国外有许多成熟的做法。一些国家设立专门的指导机构，如泰国的农业合作部、美国农业部的农业合作社管理局、巴西农业部的合作社指导司等。目前，国内一些省份也设立了专门的指导部门，如江苏省农委的合作社指导处、湖北省农业厅的农村专业合作经济组织指导办公室，辽宁省等地则建立了农民专业合作社发展联席会议制度。农民专业合作社的发展，越来越需要专门的机构进行指导。应借鉴国外做法，在总结各地经验的基础上，设立全国性的农民专业合作社指导和服务机构，以加强领导、整合资源，促进合作社健康发展。
