《通知》下发以后，江苏省药监局派出首批3名驻厂监督员，其中就有1人被派到江苏延申生物科技股份有限公司。省局对监督员的要求是，“监督检查原辅料来源的合法性、生产工艺与批准工艺的一致性、药品是否按照标准检验，以及质量保证措施、生产计划、购销数量及储存条件等。”
按照制度设计，驻厂监督员足以成为企业生产质量安全的强力保障，但以此次江苏延申和河北福尔人用狂犬病疫苗事件的最终结果来看，驻厂监督员制度也形同虚设。
在食品药品监管研究学者、中国人民大学公共管理学院教师刘鹏博士看来，驻厂监督员制度其实是原有计划经济体制下行政控制的沿袭，在现行市场经济背景下，面对众多的药品生产企业，单薄的驻厂监管制度显得有些力不从心。由于多方利益的博弈，单纯依靠个人的监督作用，并不能从根本上解决药品监管中的弊端。
长期研究药品规制问题的南开大学法学院宋华琳副教授也向《商务周刊》表达了类似观点：“驻厂监督员制度根本无法解决问题，甚至因为地域联系上的便利，驻厂监督员有可能和企业结成利益上的同盟。”
在此次人用狂犬病疫苗事件中，派驻问题企业的监督员是否会被追责，已经成为了人们下一步关注的焦点之一。
郑筱萸腐败案发生后，国家药监局遭到批评。在2008年的政府机构改革中，1998年独立出来的国家药监局再次回归卫生部管辖。国家药监局再次成为卫生部下属的一个职责部门，人们期望原本手握重权的国家药监局能够得到卫生部的有效制约和监管，以杜绝腐败问题，形成良性的药品安全环境。
但刘鹏认为，从两年实践看，药监局回归卫生部之后，实际上其权责并没有发生变化，回归卫生部前的药监局拥有药品审批权等一系列涉及药品安全问题的重大权力，这为某些官员的权力寻租提供了行政资源，回归后的药监局虽然在监管过程的公开透明化方面有所改善，但单纯的部门机构调整仍然无法解决监管者自身的问责问题。“监管机构越独立，专业性越强，牵涉的公共利益越广，就越需要有效的问责机制。”刘鹏说，国家药监局作为国家监管部门，其自身在监管和被监管的问题上仍面临诸多难题。
江苏延申和河北福尔的人用狂犬病疫苗问题曝光之后，国家药监局直属的事业单位中国药品生物制品检定所开始进入人们的视线，尤其是随着该所几位工作人员被双规后，对于中检所这类拥有认证权的事业性单位的角色定位和监管体制，有了更多关注。
中国药品生物制品检定所是国家检验药品及生物制品质量的法定机构和最高技术仲裁机构，按照相关规定，它也是我国唯一一家承担生物制品批签发检验或者审核工作的药品检验机构。所谓“批签发”，是指国家对疫苗类制品、血液制品、用于血源筛查的体外生物诊断试剂，以及国家食品药品监督管理局规定的其他生物制品，每批制品出厂上市或者进口时进行强制性检验、审核的制度。检验不合格或者审核不被批准者，不得上市或者进口。
在5月15日国家药监局发布的对江苏延申和河北福尔“人用狂犬病疫苗事件”的处理结果中，药监局认定两家企业流入市场中的狂犬病疫苗不合格。既然疫苗不合格，那为何还能进入市场流通呢？外界普遍认为负责生物制品批签发的中检所对于问题疫苗事件负有不可推卸的责任。
虽然江苏延申把责任揽到自己身上，称在疫苗送检过程中自己“做了手脚”，骗过了中检所，国家药监局的处理公告中也声明，延申公司在生产人用狂犬病疫苗过程中存在“偷工减料、弄虚作假、逃避监管的违法行为”，福尔公司“存在违规操作行为”，但这种解释还是很难让公众信服中检所能辞其咎。
“在生物制品的批签发过程中，药监局拥有最终决定权，但生物制品的检测是一项复杂的科学活动，药监局必须依赖于负责技术细节工作的中检所来做决定。”宋华琳说，“这就有问题出现了，一旦出现事故，负直接责任的是药监局，而不是对药监局的决定有巨大影响力的中检所。”
他认为，循着这条简单的逻辑推演下去可以发现，本应单纯负责技术检测的中检所被赋予了巨大的公权力，而上级主管部门很难对所属事业单位的权力予以有效的约束和监管，更可怕的是，它与制药企业之间的天然业务联系也制造了巨大的寻租空间。
事实上，类似中检所这样握有公权力的事业单位的监管缺失，过去几年已经不断被提及。除药品安全领域外，在环保认证、质量安全认证、汽车质量标准认证等领域，目前存在着大量具有认证、检测职能的事业单位，像中检所一样，它们不是国家行政机关，但却凭借自身的专业技术优势对行政机关的审批行为产生影响。另一方面，国家对事业单位一直缺乏有效的监管。
以环保认证为例，一位不愿具名的地方环保系统内部人士告诉记者，环保部门为企业生产建立了排污许可证制度，但有关具体排污指数的测定则需要专门的技术部门来做，由于在企业和检测部门中有很多人情世故和利益上的潜规则存在，一个明显不达标的企业同样可能顺利拿到排污许可证。
在美国，为了保证此类机构的独立和公正，机构本身不允许在市场中参与以营利为目的的经营活动，只能作为独立第三方存在，即便有少数监管部门可以向企业对象收取部分法定费用，但这些费用的使用方向和额度会受到法律和公众的严格监督。而在中国，此类机构不但具有部分公权力，还被放到市场上参与营利活动，其资金来源不但有财政拨款，更部分来自企业支付的检测费和咨询费，这在客观上造成了彼此间千丝万缕的联系。
“对现有的各类带有社会中介组织性质的监管事业单位，应当根据其职能的公益性、风险性以及提供服务的竞争性进行分类管理。对于涉及重大公共利益、风险程度很高、服务竞争性较弱的事业单位必须保证财政全额拨款，不能将其盲目地推向市场，一个独立、公正的认证检验机构必须要有独立、稳定的经费来源，只有如此才能充分履行自己的职责。”刘鹏说，而在一些公共利益色彩较弱、风险程度低、服务竞争性较强的事业单位则可以考虑引入雇员制和绩效评估模式，并辅以有效的激励机制，监管部门可以通过购买服务的方式来对这些事业单位进行更好的控制和约束。
刘鹏表示：“使一些组织‘公务员化’、‘吃皇粮’，同时把另外一些本来就与产业相关的事业单位‘竞争化’，借助于政府购买服务的激励性方式来加强监管，才能从根本上杜绝对事业单位的监管失灵。”
