过度养殖污染严重
按照一级水功能区划，水库一级功能分为保护区、保留区、开发利用区和缓冲区，其中属于开发利用区范围的水库，按照当地的资源、地理条件，根据社会需求来确定水库的二级功能，如灌溉、防洪、饮水、农用等等。按照《饮用水水源保护区污染防治管理规定》和《广东省饮用水源水质保护条例》规定，在水源保护区内，禁止进行投喂饲料的水产养殖，但在开发区内则未做限制。
但这一政策近年来在学术界引起广泛争议。随着环保压力的加大，学术界开始对水库养鱼的污染问题展开全面反思。事实上，这一反思已经进入决策者的视野。
2009年10月，在长沙召开的全国水库养鱼技术问题与发展交流研讨会上，中科院水生生物研究所研究员曹文宣提出：使用饲料养鱼的危害很大，滥投饲料、渔药的现象很普遍，严重破坏水质；同时，过度养殖还造成生物品种单一化，鱼类种群结构失衡。
由于残留饲料和排泄粪便，高密度的商业养殖会带来大量的外源性营养元素(氮、磷等)，这极易造成水库的富营养化。过多营养物质输入，导致藻类爆发性增殖，形成“水华”——简单理解，即发生在淡水环境中的赤潮，肇事的藻类以蓝藻为主。水库具有流动性差的特点，一旦发生水华，治理难度很大。
“近年来，广东水库整治的行动不少，每次整治中，清理库区的养殖活动都是重要内容之一。”水利部门人士介绍。
