在此次防控甲型H1N1流感中，黄建始也注意到，中国6年来已经建立了一支具备现代传染病防控知识的现场流行病调查队伍，而在SARS期间，当时中国许多地方没有专业的现场流行病人员，所以许多预防控制措施并没有具体落实。
起步大卫生
黄建始认为，在此次应对甲型H1N1流感疫情中，中国表现出色，6年来逐步完善起来的公共卫生法律制度、指挥系统、信息系统、实验室快速诊断系统、现场流行病学机动队伍和网络、大都市医疗应急网络以及国家医药用品应急储备系统开始凸显出巨大效益。
2003年SARS危机过后，众多公共卫生学者和卫生官员呼吁尽快建立健全突发公共卫生事件应急机制。当年底陈竺也在一个公开场合称：“非典过后，人们对如何在常态下保持管理，对公共卫生突发事件如何应对，公共卫生如何保障人民健康的问题有了深入的思考。”
卫生部政策法规司的那位官员认为，现在回头看，中国在早期与SARS的遭遇战中表现确实很糟糕，“但如果没有那场SARS，我们还不知道多年来建立起来的公共卫生体系是多么的不堪一击”。
中国人讲究亡羊补牢，在SARS期间，国务院就开始着手公共卫生应急的法律体系建设，紧急制订并公布施行了《突发公共卫生事件应急条例》，明确要求在突发事件发生后，各级人民政府要设立应急指挥部，负责对突发事件应急处理的统一领导和统一指挥。此后中国建立和完善突发公共卫生事件应急机制的热情被极大调动起来，在应急指挥体系、疾病预防控制体系、医疗救治体系和卫生执法监督体系等方面投入巨大的人力物力。
卫生部政策法规司那位不愿具名的官员称，SARS后，卫生部与国家发展改革委共同制订了全国疾病预防控制体系建设规划，由中央与地方共筹资金，投资68亿元，加强地方疾病预防控制机构建设。而在应急医疗救治体系建设方面，针对医疗救治体系不健全和应急处理能力不强等问题，2003年，国务院批准了《突发公共卫生事件医疗救治体系建设规划》，在直辖市、省会城市和地级市建立紧急医疗救援中心，为此，中央和地方投入了114亿元建设资金。
“仅在2004年，我们国家疾控中心一期工程投资就达到6.34亿元。”国家疾控中心疾病控制与应急处理办公室的一位人士说：“多年来，疾控系统缺衣少食，但那两年，从国家中心到各个地方中心可以说是鸟枪换炮。”
根据权威数据，到2008年底，全国100%的疾控中心、96.9%的县以上医疗机构和82.2%的乡镇卫生院都实现了网上直报。“从硬件投资看，目前我们建立起来的公共卫生应急体系完全可以应对传染病的防控，目前我们正在进行中的防控甲型H1N1流感就说明了这一点，在某些方面，我们确实比西方做的还好。”黄建始说。
但《商务周刊》采访的一些公共卫生专家也批评到，SARS后国家投入巨资进行疾控和救治体系建设，但片面强化硬件投入，而忽视了人才培养、职能调整和机构能力建设等体制性投入，无法使公共卫生体系建设取得实质性的进展。
黄建始也指出，更为关键的是，“大公共卫生观念只是停留在口头上，SARS之后并没有得到根本的改变”。他举例说，目前我国医疗和预防体制仍处于分家状态，新医改虽然方向正确，但在具体措施上还是过分强调了对看病领域的投入。
“我们应该就此次防控流感的机会继续反思医改的具体措施，医改不应该过分强调医疗，这样不可能解决国人健康的问题。”黄建始建议，危机之后，中国应该继续转变观念，向大公共卫生观念和大健康观念上转变思路，整合被割裂多年的临床医学和公共卫生。
