传染病是包括由细菌、病毒及寄生虫等引起的危害人类健康的重大疾病。本文主要介绍防治流感的中医理论和药物。在预防方面，疫苗应是首选，本文不作讨论；在药物方面，作为一般性防治，赞成用毒副作用较小并经临床或实验证明的中草药，对确诊患者，赞成用中西结合的治疗方法。
防治流感的首部著作《伤寒论》
殷商甲骨文中有传染病记载，西汉长沙马王堆出土的《五十二病方》也有治疗传染病的秦或秦汉时期方剂，西汉成书的《黄帝内经》和西北出土的《汉简》有伤寒病名，《伤寒论》就是总结前人经验和治病经验的首部著作。
《伤寒论》约在公元200年或稍后成书，作者张仲景（约公元142～210年），名机，河南南阳人，生活在战争频繁疫病大流行的东汉末年，所著《伤寒杂病论》包括“伤寒”和“杂病”两部分。《伤寒论》为晋王叔和整理本。“杂病”部分也包括一些传染病，“杂病”部分在晋以后已遗失，直至北宋才找到一份残留本。故《伤寒杂病论》都不是原著，既有散失又有后人添加内容。
《伤寒论》主要总结外感热病的各种症状、诊断和防治。研究《伤寒论》过去和现在都有，并出版了大量著作，本文对此不作介绍。
《伤寒论》的用药有单味药，更多的是方剂，它们经历了长期考验，如麻杏石甘汤、小柴胡汤、四逆汤、炙甘草汤、大承气汤等数十个方剂沿用至今。《伤寒论》以前方剂留传甚少，即使有也多半不用，故中医称《伤寒论》为方剂之始是十分正确的。《伤寒论》方剂还有一个特点，所用药物与《神农本草经》大体相同，但不用有毒矿物。《伤寒论》成书略晚于《神农本草经》，由此可大体解决《神农本草经》成书很早这一悬案。
超越前人的吴有性《温疫论》
吴有性，字又可，出生年月不详，江苏吴县人，所著《温疫论》成书于明代将亡之际，即1642年，此时正是长江下游流感大流行，他根据自己治病实践和前人论述写成此书。此书的最大特点是不迷信前人而有自己的独特见解。鉴于《伤寒论》已为医家公认的经典著作，他认为《伤寒论》曾经散忘，晋代王叔和整理有误，这样他就可以毫无拘束地写自己的《温疫论》。这部《温疫论》主要论述流感的病因、传染特点、传染途径以及如何用药。
《温疫论》一书版本甚多，建国后有十多种版本。本文依据版本有二，一是张志斌整理的《温疫论》（人民卫生出版社，2007年第一版），张志斌写了一篇水平很高的导读；二是李顺保整理的《温疫论》（学苑出版社，2003年），李顺保同样写了一篇水平很高的前言。这两篇导读和前言对我们启发很大，应该感谢他们。
吴有性《温疫论》也涉及其他传染病，但主要论述流感特别是今天所说的季节性流感。据我的理解，吴有性认为空气中混有杂气，杂气是一种物质，而这种传染性很强的物质也可称为“疫气”或“戾气”。温疫也可名“瘟疫”（瘟疫一词早已使用，近代则有抗血吸虫的《送瘟神》诗著）。吴有性《温疫论》自叙认为温疫“非风、非寒、非暑、非湿，乃天地中别有一种异气所感”，又说疫气并非一种，即“为病种种是气之不一也”。如何不一呢？他说“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病”。虽然今天科学知识告诉我们这有片面性（如禽流感等），但360年前吴有性的观察不仅超越我国当时医家，而且也超越了国外医学家。
《温疫论》论述了温疫的传染症状和途径。他认为发病症状是咳嗽、发热和头痛。他观察的传染途径更是超越前人，与《伤寒论》不同。他在《温疫论》“原病”一节明确指出，“此气之来，无论老幼强弱，触之者即病，邪从口鼻入”，这些与今天某些新型流感传染途径有一些相似。
如何用药防治？《温疫论》“论气所伤不同”一节指出“夫物可制气者药物也”。他说“不知何物之能治，故勉用汗、吐、下三法”，他认为用此三法是很勉强的，“不能尽善”，最好“一病只有一药，不烦君臣佐使，品味加减之劳矣”，这种认识对今天仍有重大意义。《温疫论》所用方剂除达原散（以槟榔为主药）外，其他仍用《伤寒论》方剂，但剂量则有很大调整。
吴有性《温疫论》不仅在中国超越前人，也超越国际当时研究。
