疑虑重重
不过，转基因作物的质疑者，还有很多别的顾虑。
首先是对人体的安全问题。虽然许多科学家都认为，目前市面上的转基因作物与传统作物没有本质区别，完全可以放心食用。孟山都也发表了一项长达3个月的小鼠实验结果，证明以转基因食物喂养的小鼠与正常小鼠身体状况没有显著区别。可这项实验的结果虽然得到了欧洲食品安全局的认可，还是饱受争论。
此外，对转基因食物安全性敲响警钟的文章也不时出现。譬如2004年《自然·生物技术》杂志上发表的一篇文章就指出，转基因蛋白有可能从食物转移到人类细胞里，并进行表达。虽然并没有证据说明这些蛋白质对人体有害，但这毕竟对推销转基因技术的公司形成了挑战。
而对转基因植物过敏的事情也屡有发生。在印度，自从转基因抗虫棉花广泛种植以后，棉农里有很多人产生了咳嗽、红眼、瘙痒的过敏症状。
去年英国的BBC电台赶赴印度采访这件事。“我以前种植普通棉花的时候就没有这种问题。”一名妇女接受采访的时候这么说，但是她又说，转基因抗虫棉的经济效益很好，所以她愿意为此受些罪。
另外，澳大利亚的一个实验室发现，当把豆角里的一种抗虫基因转移到豌豆身上时，这种原本无害的蛋白却能让小鼠产生过敏症状。
这点小差异就足以产生这么大的区别，不由得让不少消费者对转基因食物心存疑虑。所以，即便对于已经通过安全检验、可以上市的转基因食物，有不少国家也尊重消费者的意愿，将它们贴上特殊标记。
除了人体安全，转基因作物对环境是否安全也是个大问题。很多人担心，转基因作物会影响生物多样性。被引入的外来基因也许会随着花粉传播流入野生植物，这些不速之客会引发怎样的后果，会不会产生超级强大、不怕虫不怕除草剂的野草？实在难以预计。
抗虫转基因作物也有其独特的问题。苏云金芽孢杆菌的毒素对人类无害，却专杀害虫，能减少农药用量。听起来不错，可是，任何杀虫剂，无论是化学农药还是生物毒素，用长了，昆虫都能产生相应的抗药性。虽然从Bt玉米引入市场开始，政府和公司都提供了许多方法延缓抗药性害虫的出现，但十来年过去了，对Bt有抗药性的害虫已经在包括美国在内的数个国家被发现。如何应对这个问题，避免Bt失效后农民回到喷洒农药的老路上去，还需要许多农业生物专家的不断努力。
不止于科学
有些人认为，真正棘手的事情，还不是上面这些。
在过去十来年中，总部位于美国圣路易斯的农业公司孟山都一家独大，几乎独霸转基因作物的市场。由于其垄断地位，再加上专利保护，它销售的转基因作物的种子比普通种子要贵得多。
过去十年间，美国玉米、大豆和棉花的种子价格增加了一到四倍，传统种子的供应量下跌，转基因种子所占的市场份额日益扩大。由于转基因种子受到专利保护，孟山都不允许农民在年末保留一部分粮食作来年的种子，必须继续向它购买，这与千百年来的农业习惯相悖，许多农民对此怨声载道。
除了提高种子价格，孟山都还有其他办法赚钱。上世纪90年代，它向阿根廷低价提供抗除草剂的大豆，并且不收取专利费。很快，阿根廷种植的大豆中99%都来自孟山都。农民要种孟家的大豆，就得用孟家的特殊除草剂。当特殊除草剂的专利快到期时，孟山都发现自己的利润将受到影响，于是试图向阿根廷索取专利费，在遭到强烈反对后，它转向进口阿根廷大豆的欧洲国家，要他们为专利付费，以损害阿根廷大豆的出口。
中国近年来在转基因的科研开发上投入很多，成果也不少，但在商业化的道路上却异常谨慎，目前只有Bt棉花在国内大面积栽种。除了甜椒、番茄等一些蔬菜和树木，主要作物上都未大规模引进转基因技术。
事实上，像任何一项可以造福人类的科学进展一样，转基因技术的未来不仅依赖于科学家在实验室的工作。虽然科技的发展为未来的农业提供了无穷的可能，但这个问题的答案，却绝不仅仅是科学。
