2008年10月国务院决定将食品药品监管机构由省级以下垂直管理改为由地方政府分级管理、业务接受上级主管部门和同级卫生部门的组织指导和监督。2009年2月28日十一届全国人大常委会第七次会议通过的《食品安全法》，在法律上确认了上述管理体制。
一、问题的提出
我国大多数地方政府部门，实行接受本级人民政府统一领导、上级主管部门业务指导的管理体制；有些政府部门实行主管部门负责业务方面的“事权”，而地方政府管理“人、财、物”，即地方政府和上级主管部门“双重领导”的体制。
改革开放之后，为处理中央政府或上级政府部门、单位在地方的事务，有些中央政府或上级政府部门、单位在地方设置了一些派出机构或分支机构。由于中央政府或上级政府部门、单位与其派出机构或分支机构是垂直领导关系，而地方政府对设立在本行政区域内的这些机构、单位没有管理关系，因此这类中央政府或上级政府部门、单位的派出机构或分支机构，叫做“垂直管理机构”，也称“条管机构”。
垂直管理机构主要有中央政府部门垂直管理和省(自治区、直辖市)政府部门垂直管理两种。中央政府部门垂直管理的机构由中央政府部门直接领导，尽管该机构设在地方并从事带有一定地方性的工作；省(自治区、直辖市)政府部门垂直管理的机构由省政府工作部门直接领导。
垂直管理机构的设置、人员编制、财务、物资供应等均由上级政府部门直接管理；有的垂直管理机构的党组织关系在地方，由地方党委领导。
中央政府部门乃至省级地方政府部门在一些专业性强、需要在纵向上统一执法的领域实行垂直管理，有利于增强中央或上级政府的宏观调控能力，消除地方保护主义，也有利于资源的统一配置、人员调动和资金配备，整合行政执法资源；对省以下保持垂直管理机构在人事与财务上的独立，使省级以下的机构摆脱下级地方政府的各种干预，也加强了部门执法监管的权威性、统一性。
但随着垂直管理机构的增多，也带来了一定的负面效应：一是在垂直管理体制下，地方政府对垂直管理机构的监督弱化；二是垂直管理机构增多、权限扩大，造成架空地方政府管理、地方政府组织功能残缺；三是垂直管理机构的人、财、物虽然不受制于地方，但有些工作的协调落实还需要地方政府去牵头，垂直管理机构本身仍难以完全摆脱地方干扰。另外，垂直管理机构增多也可能忽视当地发展实际，加剧“政出多门、部门打架”等现象。个别本属于地方政府的事务不适当地垂直管理，也使地方政府的权责脱节、地方事务的内在联系被人为分割。因此，垂直管理机构与地方政府的关系，亟待理顺。
以“三鹿奶粉”案为例。作为一种关系千家万户的食品，对婴幼儿奶粉安全的监管链条较长，不仅涉及各级政府的卫生行政、农牧业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理等业务部门，也是地方政府的重大职责，地方政府本身有统一负责、领导、组织、协调食品安全的责任。但涉及食品安全的生产、销售、消费等主要环节的质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理机构在省以下都是垂直管理的，不仅省以下本级地方政府的食品安全的总体责任没有体现，政府卫生行政等部门的组织指导、监督和沟通、协调作用也发挥得不够。尽管“三鹿奶粉”案中被问责的主要政府责任人，有质检总局、农业部、卫生部、工商行政管理总局和食品药品监管局等中央政府机构的领导，也有地方政府及有关部门的主要领导。
