（二）耕地数量逐年减少。
受农业结构调整、生态退耕、自然灾害损毁和非农建设占用等影响，耕地资源逐年减少。据调查，２００７年全国耕地面积为１８．２６亿亩，比１９９６年减少１．２５亿亩，年均减少１１００万亩。目前，全国人均耕地面积１．３８亩，约为世界平均水平的４０％。受干旱、陡坡、瘠薄、洪涝、盐碱等多种因素影响，质量相对较差的中低产田约占２/３。土地沙化、土壤退化、“三废”污染等问题严重。随着工业化和城镇化进程的加快，耕地仍将继续减少，宜耕后备土地资源日趋匮乏，今后扩大粮食播种面积的空间极为有限。
（三）水资源短缺矛盾凸现。
目前，我国人均占有水资源量约为２２００立方米，不到世界平均水平的２８％，每年农业生产缺水２００多亿立方米，且水资源分布极不均衡，水土资源很不匹配。我国北方地区水资源短缺矛盾更加突出。东北和黄淮海地区粮食产量占全国的５３％，商品粮占全国的６６％，但黑龙江三江平原和华北平原很多地区超采地下水灌溉，三江平原近１０年来地下水位平均下降２—３米，部分区域下降３—５米，华北平原已形成９万多平方公里的世界最大地下水开采漏斗区（包括浅层地下水和深层承压水）。此外，近年来我国自然灾害严重，不利气象因素较多，北方地区降水持续偏少，干旱化趋势严重。今后受全球气候变暖影响，我国旱涝灾害特别是干旱缺水状况呈加重趋势，可能会给农业生产带来诸多不利影响，将对我国中长期粮食安全构成极大威胁。
（四）供需区域性矛盾突出。
粮食生产重心北移。２００７年１３个粮食主产区产量占全国总产量的７５％。其中河北、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、山东、河南７个北方产区，粮食产量占全国的比重由１９９１年的３６．２％提高到２００７年的４３．５％。南方粮食生产总量下降。江苏、安徽、江西、湖北、湖南、四川６个南方产区，粮食产量占全国比重由１９９１年的３６％下降到２００７年的３１．６％。主销区粮食产需缺口逐年扩大。北京、天津、上海、浙江、福建、广东和海南７个主销区，粮食产量占全国的比重已由１９９１年的１２．２％下降到２００７年的６．３％；产需缺口由２００３年４８５亿公斤扩大到２００７年５５０亿公斤左右。此外，西部部分地区生态环境较差、土地贫瘠，粮食生产水平较低，存在供需缺口。
（五）品种结构性矛盾加剧。
小麦供需总量基本平衡，但品种优质率有待进一步提高。大米在居民口粮消费中约占６０％，且比重还在逐步提高，但南方地区水田不断减少，水稻种植面积大幅下降，恢复和稳定生产的难度很大，稻谷供需总量将长期偏紧。玉米供需关系趋紧。大豆生产徘徊不前，进口依存度逐年提高。北方种植大豆、南方种植油菜籽比较效益低，生产缩减。粮食品种间（如东北大豆、玉米、水稻）争地及粮食作物与油料、棉花、烤烟等经济作物之间的争地矛盾将长期存在。
（六）种粮比较效益偏低。
近年来，由于化肥、农药、农用柴油等农业生产资料价格上涨和人工成本上升，农民种粮成本大幅增加，农业比较效益下降。随着我国工业化、城镇化快速发展，农村外出务工人员增多，特别是粮食主产区一半以上的青壮年劳动力外出打工，农业劳动力呈现结构性紧缺，一些地区粮食生产出现“副业化”的趋势。与进城务工和种植经济作物相比，种粮效益明显偏低，保护农民种粮积极性、保持粮食生产稳定发展的难度加大。
