自1996年全球首例商品化转基因番茄在美国问世以来，全球出现了100多起转基因产品（GMOs）环境安全、食品安全、非法入境等事件，引起了国际社会广泛关注和重视。从2000年开始，欧盟等40多个国家和地区纷纷建立转基因产品市场准入和标识管理制度。2001年我国也制定《农业转基因生物安全管理条例》，要求对进出境转基因产品进行监管，但我国缺乏技术执法能力。
当时美国已全面禁止从我国进口货值达10亿多美元的含转基因产品成分的烟草，预示着其他数百亿元人民币的出口农产品也面临着同样的风险；而调查发现大量未获许可的转基因大豆、油菜、玉米已进入中国，给我国人民生命健康、生态环境带来了安全隐患。
形势紧迫而严峻，国务院领导要求质检总局尽快建立转基因产品检测技术能力，对进出境转基因产品进行监管。由于转基因检测在全世界都是新鲜事物，没有成熟的技术方法、标准和实验室建设经验，中国基本属于空白。
科技部于2000年设立了“国家GMOs检测实验室及检测方法体系建立研究”等项目，财政部和国家质检总局也提供了项目经费支持，目标是重点研究植物精加工食品和饲料的核酸制备和高度降解分子的检测、内源参照基因设立和物种鉴定、边界序列的破译和品系鉴定、多目标高通量检测筛查、参比分子研制和转基因成分分子精准定量检测等共性关键技术难题；建立满足执法检验技术要求的完整技术标准体系，规范从实验室建设、抽制样、核酸纯化和蛋白质定性定量检测、结果判断等可能影响执法检验准确性、稳定性的各个技术环节；解决实际检测所必须的标准物质、检测试剂和信息服务，提供人员培训和能力确认。
经过攻关，项目建立包括全套检测技术、标准、实验室和信息服务等四大体系缺一不可的“转基因产品检测技术平台”，该平台具有全面、快速、准确、灵敏技术特点，既适应海量产品快速通关实际需要，又能满足对进出境转基因产品进行全面有效监管的国家安全需求。
据统计，2003—2005年，在该项目研究的基础上建立起的全国检验检疫转基因检测实验室体系先后为15414家企业生产的货值达238亿美元的120种产品提供了转基因产品检测，打破了国外技术壁垒，产品出口到40多个国家，农业增收113亿美元，增加就业岗位5129万个；对货值259亿美元、50种进口产品实施转基因产品监测，保护了环境安全和人民健康，降低了进出口经济损失。
另外，该项目所建立的分子生物学检测技术平台，已广泛应用到防范外来有害生物入侵和食品安全检测领域，显著提升了国家检验检疫技术水平，如实时荧光PCR技术已广泛应用于HIV、禽流感、梨火疫、昆虫糼虫等人及动植物有害生物检测，大大提高检测准精性，将原来需要几天的检测项目缩短到几个小时或几十分钟完成，显著提高了有害生物传入传出的检出率和货物通关速度，减少了外来有害生物造成的损失，促进了出口贸易。
