中国野生稻基因多样性从大到小依次排列顺序是：海南、广东、广西、福建、湖南、江西、云南
“海南野生稻基因的多样性和基因丰度最高，在加强保护的同时，还要加强科研攻关力量，让海南野生稻为中国乃至世界粮食安全做出更大的贡献。”在第二届全国野生稻大会上，一份专家论文指出，野生稻基因的多样性也表明了其保护价值和利用价值。
李自超、张洪亮等专家对889份中国普通野生稻初级核心种质进行了遗传多样性分析。他们在此次大会上公布，发现海南野生稻是中国野生稻中分子量最小的亚群，并且有最大的多样性。他们根据研究结果推测，海南野生稻是中国最原始的普通野生稻类群。根据他们的研究结果，我国野生稻基因多样性从大到小依次排列的顺序是：海南、广东、广西、福建、湖南、江西、云南。
近两年，省农科院和中国农业科学院作物科学研究所的专家，联合对海南普通野生稻进行了保护生物学的基础研究，发现海南普通野生稻具有较高的遗传多样性，而且自然群落的遗传分化系数较大，杂合体较高，说明海南普通野生稻的繁育系统属于一种较高的异交混合交配类型，遗传多样性特别丰富。
省农科院水稻所所长孟卫东认为，海南野生稻遗传多样性丰富的原因主要在于：海南地处热带北缘，光温充足，雨水充沛，冬季温暖，对普通野生稻的生长、发育、结实和宿根越冬都是良好的条件，非常适宜野生稻的生存和繁殖；同时，海南高温多湿、病虫害严重、山地丘陵多，小环境生态类型丰富等。
