抗日战争爆发后，茶业科研受到很大影响。1938年安徽省祁门茶业改良场被迫迁入平里分场办公，靠以茶养场，才使事业未断，还力所能及地开展了试验和推广工作。冯绍裘于抗战始被疏散离开祁门茶叶改良场后，应中国茶叶公司吴觉农等人之邀，去汉口该公司任技术员。1938年又抵风庆了解云茶情况，经过试验，制成两个茶样，经香港试销，认为湛称中国红绿茶中之上品。翌年建立顺宁（凤庆）实验茶厂，试制500担新滇红。1940年后生产规模有所发展，遂使滇红名誉全球，连英国女王也视滇红为珍品。1939～1940年期间，农林部中央农业实验所贵州媚潭实验茶场的李联标等人，先后赴部分茶区考察，在婺川县发现高6～7米，叶大13～16厘米×7～9厘米的野生乔木大茶树。
1941年珍珠港事变后，海上交通阻塞，茶叶产销停滞，为给战后茶业恢复和发展积蓄力量，吴觉农等人组织了蒋芸生、王泽农等一批茶叶科技人员，在浙江衢县的万川成立东南茶业改良总场筹备处，1942年迁址福建崇安武夷山麓的原示范茶厂，正式更名为财政部贸易委员会茶叶研究所。虽然当时战事紧张、条件艰苦、经费短缺，但茶叶研究所全体员工同心同德，进行了不少研究试验和技术推广工作：
①栽培方面
育种试验 有品种观察，单株选择，武夷名丛观察，茶树开花习性观察，茶树遗传因子观察及茶树交配方法试验等。
繁殖试验 有茶籽贮藏试验，茶籽播种时期试验，茶树压条试验，茶树扦插试验等。
生理试验 有茶树日照试验，茶树抗寒性与制茶品质关系研究等。
修剪试验 有水仙树型剪定试验，茶树剪枝时期试验，茶树摘花摘果试验，茶树台刈试验等。
病虫害试验研究 有武夷山茶树煤病初步调查及探究。茶蚕及茶毛虫生态观察，闽、皖、赣三省茶树病虫调查。
②制造方面
品种比较试验 有各品种制造红茶比较试验，各品种制造绿茶比较试验，各品种制造青茶比较试验。
制造方法试验 有红茶制造方法试验，绿茶制造方法试验，青茶制造方法试验。
红茶分级及碎切试验 有红茶分级试验，红茶碎切制造试验。
包装贮藏试验 有茶叶水分与贮藏方法之影响试验，利用石灰贮藏试验，密封脱氧法贮藏试验。
制茶机械之设计与试验 有青茶做青机之设计，机械应用试验。
③化验方面
化学研究 有茶叶分级化学标准之探讨，岩茶制造过程中水分变迁研究。
工业研究 有茶叶中咖啡减升华提取试验，茶叶染料试验，茶叶鞣革试验，茶鞣酸铁墨水制造试验。
肥料试验 有厩肥比较试验，树叶肥田比较试验，天然肥料比较试验。
土壤研究 有土壤盐基饱和度试验，武夷茶岩土调查，企山茶场土壤详测。
④推广方面
办理茶树更新工作，包括决定推行区域及建立省区指导机构，宣传更新要义及实施方法等等；调查统计，包括对崇安县桐木关、武夷山、八角亭各茶区概况的调查；对皖、渐、赣、闽四省内销茶产销概况的调查；对历年华茶对外贸易输出进行统计；编译刊物，将三日刊《万川通讯》改为《武夷通讯》（半月刊）及（茶叶研究》（月刊）。此外还编印不定期丛刊6种、研究报告7种、调查报告12种、译著1种、单行本3种及宣传小册子6种。
茶叶研究所于1945年8月停办，时间虽短，但进行了众多项目的试验，有一定的深度和广度，有的至今仍有很大的学术价值。同时，试验结合生产，意义深远。
抗日战争胜利后，中国经历了内战，茶叶生产再度衰落，试验机构或改良场又陷于重重困难之中。在绝境中，我国的茶业科技工作者，不畏艰难，仍做了不少工作，特别在吴觉农领导下，组织一班志士仁人，翻译出版《茶业全书》（威尔·乌克斯著），有系统地介绍世界各国茶叶生产、科研和文化，书中虽有错误观点，但使人们增加了知识，受到了启迪，扩大了视野，仍不失为一本有价值的参考资料。
4.现代茶业科枝的成就
20世纪50年代起，茶业科技始得以复苏和发展，不少茶叶研究机构相继恢复，特别是1958年中国农业科学院茶叶研究所的建立，标志着中国茶业科学研究进入一个新时期。
这个时期，大体经历了复苏、起步以至取得众多成就的几个阶段。
（1）茶业科技的复苏
1950～1957年期间，茶业科技试验工作主要由设有茶业专修科的大专院校、农林部所属的有关部门。中国茶叶总公司、部分茶业试验场及有关单位分别进行。
当时，我国茶业科技的首要任务是恢复和发展茶叶生产，所以着重做了以下工作：首先是推广适用技术，垦复荒芜茶园，提高制茶技术和传授改制技术，发动能工巧匠，努力使炒茶实现工具化和半机械化，降低劳动强度，提高生产效率，改变落后的生产面貌；第二，广泛开展培训工作。组织技术人员下乡下厂，宣传和传授科技知识；第三，围绕提高茶叶质量，改变茶园低产面貌进行研究工作；第四，恢复和新建试验机构。
