中国市场的困境
中国科学院农业政策研究中心主任黄季 称：“中国是一个转基因农作物应用的大国！”。政府每年向转基因农作物投入的资金超过人民币20亿人民币，预计该项投资未来几年将以每年20%-30%的速度递增。
2006年种植转基因作物的农民从政府手中获得财政资助近人民币25亿元（合3.216亿美元），超过了其他发展中国家政府在这方面的支出。
可是，其中用于可生产生物能源农作物的并不占主导地位，主要作物是不能用于生物能源的棉花。在2006年，680万小型农户种植了350万公顷的抗虫棉。尽管转基因抗虫棉的种植面积增长了20万公顷，但转基因农作物依然稳定在66%的比例。据ISAAA数据，中国2006年种植了350万公顷的转基因棉花，种植面积较上年增长6%，位列全球第六位。
据称这笔来自政府的资金可能会用于转基因棉花以外的转基因农作物的研究。黄季焜表示，至于是否用于和生物能源相关的大豆、玉米等方面的研究，不方便透露。
而获得农业部转基因农作物批准的美国孟山都（Monsanto）公司在中国的发展步伐，并没有像美国一样快速。孟山都公司是美国大豆、玉米等谷物基因改造的大厂商，但是在中国，至今也未能在生物能源方面有所建树，公司则将主要的精力放在转基因棉花的研发方面。
美国孟山都公司称，虽然已获批准，他们并没有打算向中国出口大豆、玉米等转基因农作物。至于原因，还是与中国的生物能源的发展方向有关。他们认为，目前中国的生物能源产业并未形成规模，盲目出口并不有利。而中国政府对于大面积种植转基因大豆、玉米还是持不支持的态度。
就在日前中国政府叫停玉米加工乙醇新项目，国家发改委已要求各地方政府，停止批准用于“工业用途”的玉米加工新项目。原因很简单，近期的粮价上涨形势过猛，发改委认为乙醇产业发展过快，加剧了中国政府对粮价走高的担心。
在中国政府的发展观中，“粮食安全”是比发展生物能源更重要的问题。政府方面认为由于中国的特殊国情，吃饭问题依然是个大问题，中国的粮食安全问题极为敏感，加上中国人均可使用的农业用地不多，粮食生产与其他生物能源作物很容易形成争地争空间的情况。
中国政府对乙醇燃料工业的限制，对中国生物能源的发展必然会产生影响。大规模发展生物能源的工业前景需要重新评估。虽然中国在政策上也鼓励发展生物能源，但目前来看中国实现大规模的、工业化的生物能源发展，在中国的前景并不乐观。
政府的这一举措，业界有些微词。一位不愿意透露姓名的农业专家说：“政府的限制并不能解决粮食安全问题，而是有序的引导行业的发展。生物能源本来就发展的很缓慢，加上人为的干预，很容易导致产业的萎缩。”
