转基因农作物的研究，主要是改善农作物抵抗害虫和恶劣天气以及提高农作物的产量和营养成分的含量。现在科学家们开始了转变农作物基因的另一研究，开始对农作物进行特殊的基因改变，使这些转基因作物能够专门用于生产燃料乙醇和其他生物燃料，以缓解油价飙升和环境污染等问题。目前，美国的各大种子公司和生物技术公司也相继加大了该领域的研究投入。
美国杜邦公司的种子专家比尔·涅波尔多年来一直在为如何解决转基因农作物用于生物能源的问题头疼。石油价格居高不下，美国等国家对生物能源的需求量不断增加，农作物产量以前所未有的速度增长。
“近41年来，北美的农作物产量已经翻了一番，但我们不会再有那么多时间实现下一个翻番。” 比尔·涅波尔说。所以，他认为要实现增产，除了扩大种植面积以外，转基因农作物的种植将是唯一的选择。
2007年，杜邦公司和世界上最大的油籽加工企业邦吉公司宣布，他们将在现有的合作改善食用大豆的各种生物性能基础上，重新设计大豆的基因，以用于生物柴油和其他工业生产。
杜邦公司的种子部门也为了配合转基因农作物的研究，投入了大量的资金并配置专门人员。他们将9%至11%的收入专门用于研发转基因农作物，而且还将聘用的科学家数量增加25%。这一切都是为了通过提高农作物抵御病虫害和抗杂草的能力来提高产量，同时找到最适合提炼乙醇等生物能源的转基因农作物。
产量危机的破解
从事生物能源研究的科学家们一直将自己局限在固有的视野里，他们对生物能源的关注主要集中在工业生产方面，比如改进利用农作物生产乙醇的化学工艺，提高乙醇的产量等方面。可是，事情并非想象中的顺利，原因就是来自农作物本身即要满足食用需求，又要满足工业用途中导致的产量不足问题。
以乙醇为例，其主要原料是玉米，即使将全球的玉米都用来生产乙醇，这些乙醇只能取代石油市场15%的份额。 但是，现实比预想的数字更可怜。2006年中国的乙醇产量为130万吨，主要原料是小麦和薯干，而不是最适合生产乙醇的玉米。而2006年中国玉米产量1.385亿吨，燃料乙醇所用的玉米量只占工业用量的1/10，总玉米产量的2%。
这一数据，让业内有些震惊。科学家们必须寻找其他农作物原料，以生产更多的生物燃料。美国能源部的一位官员曾表示，未来10到15年，如果生物能源在市场上的份额提升50%，则需要依赖科学家们对农作物原料进行改进，保证进入乙醇生产工厂的原料含有更高的生物能量。
他们开始将眼光转向大受争议的转基因农作物上。比尔·涅波尔认为，想提高生物燃料在石油消耗中的比例，使生物能源在整个能源消耗中占有重要的地位，必须对农作物本身进行改进，让这些农作物每亩能源产量不断提高。而转基因农作物是最适合的，首先是其改性后的产量高于普通农作物；其次，一旦大面积种植，价格将低于普通农作物。
在转基因农作物种植方面，全球市场的走势也是蒸蒸日上。国际农业生物应用研究机构（ISAAA）预计2010年转基因农作物全球销售额可达250亿美元，而在2005年，世界转基因农作物销售额只有80亿美元，5年的时间将增加到3倍以上。这一预测让业内对转基因农作物被广大农民接受的速度感到有些诧异，也对转基因农作物的力量不敢小视。
中国农科院农业经济研究所蒋和平教授说，这一高增长率反映了发达国家和发展中国家的农民对于转基因农作物的接受程度都在迅速增加。美国是世界上第一个批准转基因农作物商业化种植的国家，其转基因作物种植面积一直居世界首位，种植面积达3030万公顷，占全球转基因作物种植面积的68%。
目前，最主要的转基因作物是大豆和玉米，这两种作物的种植面积大约占全球转基因作物总面积的80%。其中转基因大豆占全球转基因作物面积约60%，转基因棉花和油菜的种植面积位居第三和第四。
以玉米为例，据美国农业部统计，美国2006年种植的玉米中有61%是转基因玉米，而2005年这一数字仅为52%。比尔·涅波尔认为，随着市场对转基因玉米的需求不断增长，这一比例最终将增至95%左右。
有科学家大胆的设想，如果在全球种植转基因农作物专供生物能源使用，不断地扩大产能，并用于生物能源等替代能源，将很快解决能源危机。
安全问题的博弈
实际上，全球转基因农作物在生物能源方面的应用并不理想，目前并没有任何数据表明主要原因就是安全问题。中国农业部虽然对转基因农作物开放了一定的领域，但是记者了解到，从政策方面还是以限制的态度为主。
农业部方面表示，目前看来转基因还是一个比较敏感的话题，虽然全球都在讨论转基因农作物用作生物能源。但是，其中涉及到粮食安全问题，中国还是以保守的态度来面对转基因农作物的开放问题。
一些中国的科学家也对美国看好转基因农作物产生了质疑，他们认为，转基因农作物的大面积种植是危险的。因为被改变了基因的农作物将会交叉感染其它野生植物，导致森林中其它野生植物因木质素含量降低从而缺乏硬度而逐渐枯萎。
虽然转基因农作物有着诱人的前景和改变人类能源危机的重任，还是应该谨慎前行，仅为满足现代人对汽车的嗜好而改变农作物的基因完全没有必要。
面对这些质疑，设计这些转基因能源农作物的科学家们解释说，与美国严重依赖从国外进口石油的危机相比，这些质疑所提出的风险显然是微不足道的，况且这些能帮助生产乙醇的农作物在生长过程中能吸收大量的二氧化碳，从而可以帮助人类应对全球变暖，实际上是对环境保护非常有利的行为。
先正达（Syngenta）是瑞士的农业科技公司，一直致力于通过创新的科研技术为可持续农业发展做出贡献。其转基因玉米的优势也遭到了一些人的质疑，他们认为这些玉米不仅仅用做工业目的，由于交叉感染或种子混杂的影响，人们和动物会不可避免地食用这些玉米。
在2000年美国，一种转基因玉米只被批准供动物食用，但最后居然进入人类的餐桌，公司不得不召回所有的玉米并严重破坏了美国向国外出口玉米的市场。这件风波导致人们对转基因农作物的不信任一直延续至今。
有些国家对于转基因农作物的种植也显得有些疲惫。例如日本，被农林省批准从事转基因农作物研究的6家企业有日本烟草、三菱化学、三井化学、麒麟啤酒、卡古梅和塔基伊。其中三井化学公司从5年前就着手开发抗过敏性水稻，由于抗过敏性需要对多种蛋白质的产生进行控制，所需开发费用巨大，且目前尚没有商业化前景，因此该公司已决定终止这项研究。
就在2007年3月，由美国康涅狄格大学华裔生物学教授李义领导的研究小组经过近6年的不断探索，终于在消除转基因植物对生态环境和人体健康的潜在威胁方面获得突破。他们利用其开发出来的“外源基因去除”技术，成功地将转基因植物中的外来基因从植物的花粉和种子中彻底清除掉，从而有可能打消人们对转基因植物安全性的顾虑。
这一技术的成功，又让人们看到了转基因农作物的希望。李义教授解释说，比如抗除草剂玉米的种植，在玉米的生长阶段，因其根、茎、叶中含有抗除草剂的基因，施用除草剂不会影响其正常生长，保证了其在田中的生长优势。
但当玉米趋于成熟时，预先设计好的基因重组系统便会及时将玉米花穗中的全部抗除草剂基因去掉，既很好地解决了抗除草剂基因的飘移扩散问题，又可以让消费者放心大胆地食用。他透露，进行试验的烟草植物数量多达3万株，外源基因去除效率达到100%。
