有机农业采用与环境高度协调的生产方式，对于环境保护、食品安全和农业可持续发展有着明显优势。有机农业生产和流通必须符合欧盟有机农业的基本规程，并纳入“监控操作程序”。
1、有机农业的生产规程。
《欧洲有机法案》规定有机农业植物和植物源产品的生产必须符合生产规程并进行有效监控。有机农业生产规程：只允许使用收录在《欧洲有机法案》特定的农用物资和在规定的范围内使用；仅使用有机农业的种子和植物繁殖材料，种子的母本和植物繁殖材料的亲本植物未使用转基因生物及其衍生物，至少一代实施了有机农业生产规程，多年生栽培植物需经历两个生长周期；有机农业植物营养措施有：在轮作制中适度安排固氮植物、绿肥植物和深根植物的种植、有机农业动物源经济肥和其它有机物质需先堆肥腐熟再翻埋、企业整体使用的肥料量“每公顷农用土地每年不允许超过170公斤氮素”、矿物质肥料等仅允许作为补充品使用；必须优先使用病虫害综合防治措施治理病虫草害，只有栽培植物存在着某种直接威胁，才允许使用《欧洲有机法案》中规定的产品。
2、有机农业“监控操作程序”的界定
有机农业产品的生产和流通必须纳入“监控操作程序”，纳入欧盟有机农业“监控操作程序”的企业和监控机构必须承担义务，严格遵守和实施“监控操作程序”的一般规程和不同来源产品的特殊规程。
2.1有机农业企业承担的义务
从事有机农产品和有机食品的生产、加工或者进口的企业承担下列义务：应该保证向成员国“具体负责的政府机构”登记所从事的活动、企业的名字和地址、实施有关活动的位置及具体田块、产业链环节的类型和产品类型、标签和生产规程及进口的相应措施、在所涉田块上最后一次使用未收录在《欧洲有机法案》产品的日期；提供相关监控机构名字；声明所从事活动在“监控操作程序”的规范范围内。
2.2“监控操作程序”的实施机构
成员国确定的“具体负责的政府机构”对私立的“质量检查认证机构”实施许可和监察制度，“负责检查的政府机构”或“质量检查认证机构”（以下简称监控机构）实施“监控操作程序”，对纳入此“监控操作程序”的有机农产品生产、加工和进口企业实施监控；欧盟成员国采取措施，使企业遵守《欧洲有机法案》的规定、缴纳因检查措施产生的费用和纳入此“监控操作程序”；“监控操作程序”至少包括最低检查要求和措施。
2.3“监控操作程序”实施机构承担的义务
监控机构必须保证“监控企业至少实施了监控操作程序的检查措施以及采取了相应预防措施”；“质量检查认证机构”必须保证向“具体负责的政府机构”开放业务活动的场所、设施，提供条件和方便，有回答询问和支持工作的义务；“质量检查认证机构”最迟在每年1月31日向“具体负责的政府机构”呈交在上年末处于其监控的企业目录，提交年终报告；监控机构在标签、生产规程和实施“监控操作程序”过程中，确定了不符合要求的情况，必须取消所涉“分装货物”或所涉全部产品采用“有机标志”；在确定“明显的违规”或“产生长效的违规”后，与“具体负责的政府机构”商定一个有效期限，在此期限前，取消所涉企业“有机标志”产品的市场销售。
3、有机农业监控操作程序的一般规程
3.1最低检查要求
《欧洲有机法案》最低检查要求需和成员国措施一致，且要保证各层次产品的可回溯性和《欧洲有机法案》的实施。
3.2首次检查准备
监控机构进行首次检查前，纳入“监控操作程序”的企业首先必须完成下列事宜：完整提供对生产单元、生产设施及生产活动的“描述性报告”；明确所有“具体措施”，以保证在生产单元和设施、产业链各个层次执行《欧洲有机法案》的规定：签署一份“声明书”，描述性报告和具体措施必须属于“声明书”的一部分；“声明书”中该企业还必须保证实施标签、生产规程、监控操作程序和产品进口规定的措施，声明同意：在违反规定或非常情况下，必须取消所涉分装货物或所涉全部产品的“有机标志”和纳入“监控操作程序”的标志；书面通知产品购买者，确保所涉及批次所有产品“有机标志”的取消。企业签署的声明书必须由监控机构审核并出具“报告书”，指出声明书中的非完善性和非一致性。企业必须在报告上署名，并采取所有要求的改进措施。
3.3呈报
“描述性报告”、“具体措施”、有机农业监控操作程序不同来源产品“特殊规程”中的“首次检查”要求发生任何改变，所涉企业都必须按规定时间呈报监控机构。
3.4检查监察
监控机构对生产单元、加工单元或其它工场每年至少做一次全面督察检查。为了检查《欧洲有机法案》不允许使用的物品或工艺，监控机构可以采样检测。在怀疑使用此类物品的情况下，必须采样检测。每次检查应当出具检查报告，并由被检查单元的负责人或代表署名。监控机构可随机地、无需事先告知地进行检查。可能发生某种危险的企业和环节、非有机产品的可能污染和混淆是检查重点。
3.5造册登记
在生产单元或设施内应当保证建立台帐制度，设有“物品登记帐册”和“财务记帐册”，企业、监控机构能从帐册中了解到下述情况；送货者、产品销售者、产品出口者；向某单元提供的有机农产品种类、数量，所有买进的物品及其使用：所有有机产品在离开单元或第一收货人的记录，包括产品种类、数量、收货人和购买者；监控机构认为对监控有用的其它信息。帐册内容必须附票据材料。从帐册中必须能得出投入和产出产品之间的关系。
3.6产品包装和产品在加工环节中的运输
有机农产品的运输过程中，企业应负责仅在有合适的包装、容器或其它工具的情况下进行运输，产品的密封方式能够保证所含物质不被混淆，标牌应包含企业的名称和地址、产品所有权人或出售人的名称和地址、符合“有机标志”规定的商品名称、相关监控机构的名称及代码、可能的批次货登记号，上述信息也可登记在“随货单”上，依据“随货单”能够有序地、毫无疑问地安排产品包装、产品容器或其它运输工具，“随货单”必须包括关于供货人及运输企业的信息资料。对密闭封装不作要求的情况有：产品在纳入监控操作程序的企业间运输，产品伴有详细信息的“随货单”，向发货人和收货人的监控机构都做了呈报并得到许可的运输。
