２００６年，卫生部门进一步加强食品、职业卫生等公共卫生监督工作力度，开展食品卫生专项整治，加强国家卫生监督抽检。查处浙江劣质食用油案和北京福寿螺引发食源性疾病案等案件，吊销卫生许可证１４４４个，取缔无证生产经营３万余户。国家卫生监督抽检共抽样检查产品７０００余件，公布并查处了１４８６个不合格产品。同时，卫生部完善食品监测网络，开展危险性评估，发布食品安全预警信息，颁布实施《重大活动食品卫生监督规范》。
卫生部门贯彻《职业病防治法》，加强职业卫生监督，开展职业卫生、放射卫生重点监督检查工作。据不完全统计，２００６年全国共查处违法单位近１．７万家，罚款１５００多万元，停业３８家。卫生部还颁布了《放射诊疗管理规定》和《建设项目职业病危害分类管理办法》。
２００６年，卫生部加强了公共场所、饮用水卫生监督。制定重点公共场所卫生规范，颁布《公共场所集中空调通风系统卫生管理办法》，开展公共场所卫生监督管理量化分级试点工作。开展饮用水和公共场所卫生监督检查，制定饮用水水质监测方案，贯彻《传染病防治法》，制定《传染病防治监督工作规范》，做好传染病防治监督工作。
