近一个时期，水产品加工专业开始了水产食品微生物学的研究。广泛开展这个领域的研究能将该专业引向深入，推动水产食品加工技术的发展和水产食品质量安全的提高，十分可喜。但是水产食品微生物是非常复杂的，该专业又十分缺乏微生物学研究的基础，给研究带来不少困难。为了顺利开展研究，避免走弯路甚至错路，增加对食品微生物学的认知尤其是弄清一些基本概念至关重要。笔者对水产食品微生物学的研究始于上世纪90年代中期，至今积累了一定基础和经验，对于近来看到的一些问题，想谈点自己的体会，希望与各位同行一起讨论。
水产食品的微生物生态对水产食品微生物学的研究，主要集中在损害产品质量的腐败菌和引起安全风险的病原菌，因此首先要弄清水产食品作为微生物所处的生态环境。为此以类似的加工操作贮藏流通过程和食用前烹调制作方式，可以将水产食品分为7大类，同一类产品具有相似的微生物生态，即存、活着相似类别的腐败菌和病原菌；而不同类产品有着不同的微生物生态，存、活着的腐败菌和病原菌类别也不相同。这样便于研究者理解研究对象，并根据自己对产品的熟悉情况选择研究对象。
特定腐败菌（SSO）特定腐败菌是指在产品贮藏过程中，适应于产品本身的性质和贮藏条件，某些腐败菌比其他微生物增殖快，并且产生腐败产物的活性强。特定腐败菌是在过程中淘汰选择的结果，如果贮藏过程不产生微生物引起的腐败，例如-15℃以下的冷冻贮藏，当然不会有特定腐败菌；如果过程很快结束，例如牡蛎死后在常温下很快腐败，也不存在特定腐败菌。
微生物生长动态模型和剩余货架期预测
建立微生物生长动态数学模型的作用之一是可以预测产品剩余货架期，为产品贮藏中的质量管理提供快速方便的数量化工具。在大多数情况下，不能用细菌总数代替特定腐败菌建模。另外产品贮藏过程大约在1周至数个月之间，如果产品很快腐败，或有很长的货架期，就没有数量化预测剩余货架期的必要。
影响微生物动态的因子微生物是低等生物，其动态受外界因子的影响非常大，这些影响因子一方面来自产品本身，主要是pH、Aw、盐类、防腐剂的有无和类型等，但是与产品本身的酶没有直接关系。另一方面是产品所处环境，主要是温度、氛围气体等，例如真空包装产品要考虑厌氧菌，加热产品要考虑球菌、芽孢菌。这对研究微生物的动态例如生长、残存、死亡以及生长速度、死亡速度、残存状态、生长/非生长界面等非常重要。
测定细菌总数的培养基培养基应该有着接近对象产品的营养成分，要重点考虑盐分含量。例如测定海水养殖水产品的细菌总数，培养基含盐量要考虑养殖海区的盐度，含盐量过低或过高都会使细菌生长不良，计数出现较大偏差。
分离鉴定挑选涂布法得到的菌落数合适（30~300个菌落）的计数平板，对整个平板或一定区域内所有菌落（通常30~150个菌落），依据菌落形态特征分组，每组挑取所有菌落或若干菌落（至少2~3个菌落），分离纯化培养25℃24~48h，综合菌落形态学、细胞形态学、生态学、生理生化等特征进行鉴定，生理生化特征鉴定方法可以采用仪器和传统方法相结合。如果同组出现相异鉴定结果，则对本组再次进行分组、分离、鉴定。
