内蒙古自治区地域辽阔，农牧资源丰富，生态环境受污染较轻，具有发展绿色食品产业的得天独厚的资源优势和生态环境条件。随着内蒙古农业和农村经济改革的不断深入，农业正由单一经济逐步向着多元化、规模化的方向发展，特别是以绿色食品为代表的绿色食品产业，已成为近年来发展较快的产业。
自1990年国家农业部推出绿色食品工程后，内蒙古积极开展了绿色食品的开发和建设工作，并已形成一定规模。截止到2003年上半年，内蒙古有效使用绿色食品标志的有86家企业，绿色食品产品总数达262个，生产总量达67．6万吨，绿色食品年生产总值达50亿元，实现年销售额46．87亿元，经环境监测的绿色食品原料基地面积达1659万亩，其中农田监测面积605万亩，草原检测面积1054万亩。绿色食品产品包括水稻、面粉、大豆、保护地蔬菜、马铃薯、白糖、山野菜、饮料、畜禽蛋等20余种，位居全国前列。
现已初步确立了内蒙古自治区绿色食品规模化、系列化、多样化的生产加工基地，形成了以兴安盟为主的绿色食品大米加工生产基地；以河套平原、土默川平原为依托，以大公、恒丰、包头粮油为龙头的绿色食品小麦、面粉生产加工基地；以呼伦贝尔、兴安盟为主的绿色食品大豆、水稻生产加工基地；以赤峰、乌盟为主的绿色食品杂粮杂豆、马铃薯生产基地；以呼市、包头为主的绿色食品饲料玉米生产加工基地；以呼伦贝尔盟草原、锡林郭勒草原、乌拉特草原为主的绿色食品牛羊肉生产加工基地；以伊利、蒙牛为主的绿色食品乳制品生产加工基地。
与此同时，以蔬菜、瓜果为主的无公害农产品生产也得到了初步发展。按照农业部提出的无公害农产品及绿色食品生产行动计划，通辽科尔沁区、开鲁县、赤峰市元宝山区和宁城县四个旗县级无公害蔬菜生产基地已被列入全国无公害蔬菜生产基地，以巴盟苹果梨、西甜瓜，锡林郭勒盟、乌盟的反季蔬菜，包头、呼市的优质蔬菜以及胡萝卜、红干椒等自治区级的无公害生产示范基地也相继建立，全区已累计建立以瓜果菜为主无公害蔬菜生产基地189个，以瓜果菜为主无公害蔬菜生产基地面积达357．5万亩。由农业厅组织认定了两批110个180万亩以蔬菜瓜果为主的无公害农产品产地，与北京市还建立了“场地挂钩”的市场对接工作。
与绿色食品发展相匹配的绿色食品管理机构体系也不断完善健全。绿色食品从1992年在我区诞生至今，管理机构不断完善，全区12个盟市都相应成立了绿色食品管理机构，形成了从上到下的管理队伍，有5家环境监测机构进行绿色食品基地的环境监控和评价。体系也走向完善健全，以自治区绿色食品发展中心为核心的全区绿色食品标志管理、产品开发、基地建设、人员培训、经营销售的管理体系已初步形成。为保障绿色食品产业健康发展，制定了绿色食品生产基地管理方案10多项，各类地方性的生产技术操作规程30余项以及各种管理办法、年检办法等。目前，全自治区已初步形成了比较完善的绿色食品环境监测体系和绿色食品认证管理体系。尽管内蒙古的绿色食品产业虽然有了以上各方面的发展，但仍存在一些问题，亟待解决。
目前绿色食品产业发展中存在的主要问题：一是缺乏扶持政策。在扶持绿色食品产业发展过程中虽出台了一些政策措施，如《内蒙古自治区绿色食品产业发展规划》等，但扶持和引导的力度还不够，使绿色食品产业发展仍显动力不足。二是配套体系建设不完善。与绿色食品产业相关的标准体系、产品检测体系、环境监测体系、流通服务体系、市场信息体系等配套体系建设资金投入不足，制约了绿色食品产业的发展。三是市场培育与规范不足。就目前来说，内蒙古还尚未形成省级绿色食品市场营销网络，还不能充分体现优质优价，绿色食品标志使用混乱，假冒行为严重，造成绿色食品形象和消费者利益受损，制约了绿色食品产业的发展。四是科研和技术体系薄弱。在绿色食品生产方面适于绿色食品产业并易于被农民接受的高新技术较为缺乏，使绿色食品产业长期发展缺乏科技推动力。五是产业结构不合理。在绿色食品产业结构方面体现为产品结构单一，层次低浅，规模较小，有些甚至造成资源浪费，致使整体优势难以发挥。发达国家农产品产后加工都在70％，而内蒙古2002年农畜产品加工率仅为33．9％。要想摆脱以上落后局面，进一步促进绿色食品产业发展，就必须加大我区农牧业产业化经营力度，加强农牧业产业化龙头企业建设，强化优势产业开发。
