“农药残留”是制约浓缩苹果汁行业发展的首要问题。入世后，我国农畜等产品出口不断受到“绿色贸易壁垒”的限制，浓缩苹果汁出口也不例外。美国方面提高了产品中农药的检测标准：FDA标准由过去的50PPB改为现在的10PPB。日本方面也在拟定新的办法，增加检测的项次。欧盟最近提出的钠含量、富马酸、硝酸盐等标准，也是过去所没有的。我国目前对食物限制农残62种，日本为96种，美国为115种。世界各国均不准使用的甲铵磷（剧毒）农药，在我国一些地区仍有使用，严重影响了浓缩苹果汁出口。国家有关部门应立即禁止甲铵磷的生产，加强对农药的管理，加大对广大果农的宣传并完善相应的立法。
行业税收明显偏高。国家规定，浓缩苹果汁行业按照精加工产品缴纳17％的增值税，而实际上浓缩苹果汁是一种作为原料出口的中间产品，其属性应认定为初加工产品，应按照粗加工产品缴纳13％的增值税。目前，我国的浓缩苹果汁行业赢利水平较低，税收又较高，这势必影响农民收入和行业效益。
没有专用苹果原料基地，果汁产品缺乏市场竞争力。虽然我国目前已成为世界第一大苹果生产国，苹果年产量达2200万吨左右，占世界总产量的44％，但鲜食果比重太大，用于苹果深加工的原料果只占苹果总产量的1／7，且原料果以鲜食果中的低档果、残次果为主。欧美果业大国苹果的鲜食与深加工比率达1∶1，在国际市场上，浓缩苹果汁酸度越高，销路就越好，售价也越高。而要提高苹果浓缩汁的酸度，就要用酸度值高的优质专用酸苹果作为加工原料。而我国专用酸苹果严重匮乏，苹果浓缩汁加工企业“有果园，无原料”，只好以鲜食果中的低档果、残次果为原料，生产出的苹果浓缩汁与国际市场需求错位，每吨售价要低于高酸度苹果浓缩汁40％左右。
优质专用酸苹果的缺乏，严重制约了我国浓缩苹果汁加工业的发展，结合我国当前苹果产业发展的实际，有关人士提出：各苹果主产区应适时引导农民调整苹果品种结构。目前我国年产浓缩苹果汁22万吨左右，约需果汁加工专用酸苹果170多万吨。各苹果主产区应积极引导果农调整果品结构，有计划地种植高酸度苹果，逐步建设果汁加工专用果种植基地。
浓缩果汁加工企业要和果农加强协作，按照“公司＋农户＋基地”的模式，积极发展订单种植，适时提供技术指导，尽量减少果农的后顾之忧。
广大果农要积极转变观念，通过高枝换头等方式，将部分甜苹果改造成专用酸苹果，或种植一定数量的优质专用酸苹果，既可化解卖难问题，又可增加收入。
浓缩苹果汁作为我国具有优势的行业，出口量有望达到世界总贸易量的50％，以上问题亟待引起有关部门的重视，并切实寻求解决办法。相关部门应积极扶持大的苹果产区，建立苹果加工的专用基地，采用订单农业、股份合作、退耕还林、政府补贴等有效形式，促进我国浓缩果汁行业的健康发展。
