一、水产品贸易的国际化程度不高。目前世界水产品总产量达到1.22亿吨，其中37％～40％的产量进入了国际贸易。而我国，虽然水产品总产量占到世界的35％，但据测算，只有6％～8％的水产品进入国际贸易，大大低于国际水平。
二、市场比较集中，主要品种出口市场单一。尽管我国水产品出口逐步走向市场多元化，但日本、美国、欧盟、韩国、中国香港等国家和地区仍然是我国主要的水产品出口的目标市场。2000年，我国对上述五个市场出口的水产品，数量上占我国水产品出口总量的90％，金额上占我国水产品出口的94％。出口市场的过分集中，使我国水产品出口效益受到严重影响，如我国每年生产的烤鳗90％以上出口到日本市场，由于市场的过分集中加上近几年日本经济不景气，烤鳗平均单价由1996年的每公斤2267日元降到2000年的每公斤1263日元。2000年我国出口日本近7万吨烤鳗，实际创汇7.5亿美元。但如按1996年出口单价计算，我国仅烤鳗一项就减少出口创汇约6亿美元。
三、水产品质量保证体系推广速度慢，影响我国水产品的对外出口。我国主要出口市场美国、欧盟和加拿大相继在国内立法，把水产品质量保证体系（HACCP）纳入到其国内的法律体系，强制在水产品企业实行HACCP质量保证计划。法律要求，所有出口到美国、欧盟和加拿大的水产品加工企业必须实行HACCP计划。对我国水产品出口带来很多困难。目前，我国只有250家水产品加工企业实行HACCP计划，其中只有120多家企业获得出口欧盟的资格，更多的企业被挡在出口企业行列外。
四、非关税贸易壁垒越来越威胁着我国的对外贸易。根据世界贸易组织秘书处的信息，我国是WTO反倾销和反补贴协议的最大受害国。到目前为至，世界上26个国家对我国提起的反倾销和反补贴案高达422起，涉及到我国上千种出口商品，每年，我国因此而损失100多亿美元。1996年，我国遭到美国对我国淡水小龙虾的反倾销，最后美国征收260％的反倾销税，使我国失去了一个主要的淡水小龙虾出口市场。最近，日本准备对我国鳗鱼和裙带菜出口实行的紧急限制措施，后因种种原因遭到流产。另外，目前国际社会越来越重视贸易与环境问题，生态标签问题将成为潜在的又一个非关税壁垒，应当得到我们的高度重视。
五、信息咨询体系发展落后，水产品国际贸易缺乏及时、可靠的国际市场动态信息保证。国外信息咨询体系比较发达，而我国在这方面比较落后。FAO作为联合国的渔业主管部门，从1976年就开始建立全球的渔业贸易信息咨询服务体系。FAO协助各国政府相继在亚太地区（INFOFISH）、拉美国家（IN－FOPESCA）、欧洲（EUROFISH）、非洲（INFOPECHE）、中东（INFOSAMAK）建立了5个渔业贸易信息咨询机构，这些机构在各区域发挥了巨大的作用。FAO于1997年协助我国政府建立了中国的渔业贸易信息咨询中心（INFOYU）。该中心的成立对我国水产品进出口贸易起到积极作用，但由于资金缺乏，规模小，其功能还远未达到其他国家或地区的相关水平。
六、水产品进出口组织化程度较低。我国进出口水产品品种繁多，并且有越来越多的跨行业、跨部门出口企业从事水产品的进出口业务。这种现象表现在水产品的国际贸易上是对一种出口品种采取竞相压价以达到出口的目的。我国连年来出口综合单价持续下跌就很好地说明了这一点。行业的组织化管理落后是造成我国目前水产品进出口无序的原因之一。更重要的是落后的行业管理将很难打赢未来的水产品国际贸易战，尤其是在我国面临国外反倾销、反补贴以及所谓的紧急限制进口措施的情况下，行业的组织和协调尤为重要。
