2005年6月，国务院批准中国证监会、财政部、人民银行发布《证券投资者保护基金管理办法》（以下简称《管理办法》），同意设立国有独资的保护基金公司，并批准了公司章程。2005年8月30日，保护基金公司在国家工商总局注册成立，由国务院出资，财政部一次性拨付注册资金63亿元。其主要职责包括筹集、管理和运作证券投资者保护基金；监测证券公司风险，参与证券公司风险处置工作；证券公司被撤销、关闭和破产或被证监会采取行政接管、托管经营等强制性监管措施时，按照国家有关政策规定对债权人予以偿付；组织、参与被撤销、关闭或破产证券公司的清算工作；管理和处分受偿资产，维护基金权益；发现证券公司经营管理中出现可能危及投资者利益和证券市场安全的重大风险时，向证监会提出监管、处置建议；对证券公司运营中存在的风险隐患会同有关部门建立纠正机制。
为及时监测可能危及投资者利益和证券市场安全的重大风险，保护基金公司在做好证券公司风险处置工作的基础上，致力建设证券市场交易结算资金监控系统和基于可扩展性商业语言（XBRL）的资本市场电子化信息披露系统，全面加强对证券市场的风险监测。同时，积极开展证券公司和上市公司投资者保护评价工作，探索建立投资者教育、投资者调查和投资者呼叫组成的多层次投资者教育和服务体系。
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