跟正规金融机构相比，小额贷款公司经营机制灵活，客户准入门槛低，抵押担保方式多样，贷款审批效率高，手续简便实用，资金到账迅速，深受城乡居民和小微企业的欢迎。但正因为小额贷款公司非正规金融机构，无论是从内生因素还是从外部环境来看，都存在着与正规金融机构无法比拟的短板制约，主要表现在以下五个方面：
（一）收入来源和融资渠道单一，盈利能力不强。从收入来源看，小额贷款公司只能经营单一品种，即专营小额信贷业务，而不能经营票据、资产转让、委托贷款等一些低风险业务，贷款利息收入是其唯一的获利手段，且放贷对象多为级次比较低、风险难评估的“三农”和小微企业，贷款风险控制难度较大。从融资渠道看，小额贷款公司多吸收民间资金，从银行业金融机构融资受到政策的诸多限制，即便能够从银行获得贷款，贷款成本也很高，小额贷款公司一般都是在自身发放的贷款到期后再重新放款，资金流动性不强，从而导致其综合收益率不高。
（二）扶持政策缺乏，发展后劲不足。一是税负相对较重。小额贷款公司在性质上属于一般工商企业，在税收上也按照工商企业缴税，包括所得税、营业税及附加等，一般超过收入的30%.以某小额贷款公司为例，其执行的贷款利率为基准利率的4倍，资金利用率达80%，而其年均综合收益率只有9.3%左右，即：5.6%×4×80%×（1-25%）×（1-5.7%）-3.3%=9.37%，其中5.6%为2012年7月份后6个月贷款基准利率，80%为资金利用率，25%为所得税率，5.7%为营业税率及附加，3.3%为营业成本。二是不能享受涉农贷款补贴政策。金融机构发放涉农贷款可以享受国家财政补贴和地方政府奖励，小额贷款公司却不能，需要给予同等待遇。三是不能享受利率优惠政策。小额贷款公司在性质上不属于金融机构，对外融资不能执行银行间同业拆借利率，而只能依照企业贷款利率融入资金，成本偏高。同时，小额贷款公司在银行开设的专用账户，只适用于一般工商企业的活期存款利率，远远低于金融企业同业存放利率，收益又偏低。
（三）对客户信息查询存在障碍，客观上增加了信贷风险。目前，小额贷款公司信贷业务大都未加入人民银行征信系统，无法及时查询、了解借款人的信用信息，造成经营风险的增加，也影响了人民银行征信系统信息的完整性。从小额贷款公司经营情况看，虽然在发放贷款上履行了担保、抵押手续，但也存在部分手续不完善的问题，如用房屋抵押贷款，有的有房产证无土地证，有的有土地证而无房产证，为方便快捷地发放贷款，虽通过有关部门办理了相关登记手续，但一旦发生纠纷，维护债权也有一定的障碍，增加了贷款的潜在风险。
（四）管理水平不高，风险控制存在隐患。一是小额贷款公司普遍人手少、专业技能弱，无法避免操作失误，如贷款资料不齐全、不规范，缺少客户重要背景资料、申请人征信资料等；二是小额贷款公司目前尚处于发展的“初级阶段”，发放贷款多凭“感性认识”，比较看重企业品牌、企业家个人品质和信誉，缺乏银行严密科学的风险防控体系；三是可能会为了一味追求“简便快捷”而忽视某些必要操作，如忽略企业提供《贷款卡》，车辆不办理过户手续等。这些操作都可能为小额贷款公司的长远经营留下风险隐患，极易引发法律纠纷。
（五）前景不明朗，缺乏长期的经营战略。由股东发起成立小额贷款公司的初衷就是想转制为村镇银行。按照《小额贷款公司改制设立村镇银行的暂行规定》，经营三年以上，最近两个会计年度财务报表连续盈利，不良贷款率低于2%，引入持股比例不低于20%的银行业金融机构作为最大股东，就可申请转制为村镇银行。以湖北省为例，从目前情况看，还没有一家小额贷款公司转制为村镇银行。实际情况是，很难找到银行业金融机构入股。因为银行入股要拿出一定的资本金，不仅影响自身资本充足率，同时还要为小额贷款公司以前发放的贷款承担风险责任，因此还不如自己申请设立分支机构。
