东非共同体加强成员国在经济、社会、文化、政治、科技、外交等领域的合作，协调产业发展战略，共同发展基础设施，实现成员国经济和社会可持续发展，逐步建立关税同盟、共同市场、货币联盟，并最终实现政治联盟。
负责人
首脑会议主席由成员国轮流担任。首脑会议主席由成员国轮流担任。现任主席肯尼亚总统姆瓦伊·齐贝吉（Mwai Kibaki），2011年11月上任。部长委员会主席为肯尼亚东非与地区合作部长约翰·科艾奇（John Koech）。秘书长为卢旺达人理查德·塞兹贝拉博士（Dr.Richard SEZIBERA），2011年4月任职。
发展前景
东非共同体自2001年正式恢复成立以来，各成员国为实现共同体目标和一体化积极努力，加强联系和沟通，已签署关税同盟,它的实施为推动地区经济发挥了重要作用。政治联盟。但由于各成员国政治考虑不同，经济发展水平各异，经济利益各有侧重，因此，实现一体化目标不会一帆风顺，还会出现这样或那样的矛盾和摩擦。但这种矛盾和摩擦不会影响共同体一体化大的方向，东非五国将会继续加强沟通和协调，加强在国际和地区政治、经济及共同体内部事务方面的协调与一致，为实现东非共同体宗旨与目标积极努力。
EAC的扩大，标志着东非地区乃至整个非洲在经济一体化进程中又迈出了坚实的一步。扩大后的EAC通过五国间合作，互通有无，有利于市场不断扩容，有利于东非地区的经济实力进一步增强。
由于EAC联合进程尚处于发展阶段，加上卢和布两国新近加入，一体化目标的实现尚需各成员国的不懈努力。东共体存在以下亟待解决的现实问题：
基础设施
EAC成员国落后的基础设施无法顺应甚至阻碍一体化进程。如公路和铁路能形成有效交通网络，造成运输成本高。EAC主要靠肯尼亚蒙巴萨和达累斯萨拉姆两港口进出货物。东非铁路由于资金原因，恢复运营困难重重。乌干达、卢旺达、布隆迪三国均为内陆国家，制约了这三个国家贸易快速发展。
在乌干达召开的东非三国商业领导人[4] 会议上，一些领导人反映，尽管他们支持EAC政治、经济一体化，但对2012年实现预定目标并不乐观。
关税
傅自应副部长在京会见东非共同体代表团
自EAC签署关税同盟以来，各成员国间贸易和商业得到快速发展，其中跨国商业和投资尤为突出。EAC五国间的经济贸易发展不仅明显增加了各国税收，而且也提高了各国在地区间的竞争力和影响力。
东非共同体于2005年1月签署关税同盟协议，协议规定除部分敏感商品外，取消成员国间关税和非关税壁垒，但EAC各成员国出于本国利益，出台不同形式的非关税壁垒。非关税壁垒增加了成员国贸易成本，削弱该地区商品竞争力，同时影响东非共同体发展有竞争力的私有产业。
反腐败
由于历史原因，东共体成员国工业生产仍处于起步阶段，绝大多数工业制成品依靠进口，自然资源不很丰富，对外援依赖程度高，各成员国存在不同程度的腐败现象等，这些都影响了关税同盟的顺利实施和共同市场的推进。
此外，EAC成员国同时加入非洲多个地区组织，也给东共体一体化进程带来影响。如坦、肯和乌同时为东非共同体及东南非发展共同体成员国。虽然同时加入多个非洲地区组织可以获得更多利益，但这同时影响东非建立共同市场和实现一体化进程。
