孢子虫病是由一种叫微小隐孢子虫 ( Cryptosporidium parvum ) 所引起的传染病，而其他品种的隐孢子虫亦偶然会引起此病。病征通常于感染后 7天左右出现，包括腹痛、水泻、呕吐及发热。大部份患者的病征持续6至10天，但亦有可能会持续数星期。
由顶器亚门 (Apicomplexa)孢子虫纲(Sporozoa)的原虫寄生于家畜所引起的疾病。主要有球虫病、弓形虫病、肉孢子虫病和贝诺孢子虫病等。在中国，鸡和兔的球虫病为害尤其严重。病原原虫以发育良好的顶复合器(简称顶器)为特征。主要寄生在宿主的细胞内。其繁殖过程包括裂殖生殖、配子生殖和孢子生殖3个阶段:裂殖生殖属无性生殖，是在滋养体生长至一定大小时行复分裂，细胞核经分裂多次而成为一多核的裂殖体。所产生的后代称为裂殖子，可重复无性生殖，亦可进行有性生殖，即配子生殖，产生大配子或小配子，由大、小配子结合而成为合子。合子外生厚壁，形成卵囊，经孢子生殖形成孢子囊。含有成熟子孢子的卵囊称为感染性卵囊。孢子虫的生活史中有的仅需一个宿主，有的需要更换宿主。如球虫只有一个宿主，粪便中的感染性卵囊为其感染源；肉孢子虫则需更换宿主。防治必须采取综合性措施，包括环境卫生、切断孢子虫的生活史环节、防止饲料和饮水污染，以及对病畜进行治疗等。
