潜伏期一般为6～36小时，长者可达8～10天。潜伏期越短，病情越凶险。 起病突然，以神经系统症状为主，初起时全身软弱、头痛、眩晕;继之出现眼睑下垂，瞳孔扩大、复视、斜视、及眼内、外肌瘫痪、抬头困难、共济失调，但肢体完全瘫痪者少见。因胆碱能神经传递的阻断，可见腹胀、尿潴留、唾液分泌减少。体温正常或有低热，神志始终清晰、感觉存在、脑脊液正常。
轻症患者可于4～10天内逐渐恢复，呼吸、吞咽、发音困难先行缓解、继之肌肉麻痹也渐改善、复原、视觉恢复较慢，有时需数月之久。重症患者可于发病后3～10天内因呼吸衰竭，心力衰竭或继发肺炎等而死亡。
婴儿肉毒中毒的临床表现与上述不同，其首发症状常为便秘，继之迅速出现神经麻痹、病情进展迅猛，可致猝死。
