在解剖镜下一般将样品放大20—30倍即可分辨，必要时可用显微镜进一步放大。鱼粉为黄褐色或黄棕色等轻质物，按鱼肉、鱼骨和鳞的特征可以鉴别。
鱼肉镜下表面粗糙，具有纤维结构，类似肉粉，只是颜色浅。鱼骨为半透明至不透明的银色体，一些鱼骨块呈琥珀色，不规则。鱼鳞为平坦或弯曲的透明物，有同圆，颜色深浅交替，鱼鳞表面碎裂，裂纹乳白色。
掺假鱼粉的镜下检查：
1．掺菜籽粕的鱼粉
鱼粉中掺菜籽粕镜下可见菜籽粕的种皮，其种皮特征为棕色且薄，外表面有蜂窝状网孔，表面有光泽，内表面有柔软的半透明白色薄片附着。菜籽粕的种皮和籽仁碎片不连在一起，籽仁呈淡黄色，形状不规则，无光泽。
2．掺棉仁饼粕的鱼粉
鱼粉中掺入棉仁饼粕镜下可见棉絮纤维附着在外壳上及饼粕颗粒上，棉絮纤维为白色丝状物，中空、扁平、卷曲、半透明、有光泽，棉籽壳碎片为棕色或红棕色，较厚。沿其边沿方向有淡黄色或黄褐色的不同色层，并带有阶梯似的表面。棉籽仁碎片为黄色或黄褐色，含有许多圆形扁平黑色或红褐色油腺体或棉酚色腺体。
3．掺稻壳粉的鱼粉
鱼粉中掺入稻壳粉镜下可见稻壳碎片，该碎片表面有光泽和井字条纹，并可见到壳表面的茸毛。
4．掺花生饼粕的鱼粉
鱼粉中掺入花生饼粕镜下可见花生外壳和种皮，外壳为破碎、不规则、厚薄不一的片状，分层。内层呈白色海绵状，有纤维交织，外层表面有突筋呈网状，种皮为红色、粉红色、深紫色或棕黄色。
5．掺芝麻饼粕的鱼粉
鱼粉中掺入芝麻饼粕镜下可见芝麻种皮，芝麻种薄、表面带有微小的圆形突起，黑色、褐色或黄褐色，因品种而异。
6．掺大豆皮粉的鱼粉
鱼粉中掺入大豆皮粉镜下可见豆皮，黄色或淡黄色块状物。豆皮有凹形斑点，稍有卷曲，并可见种脐。镜下还可见白色海绵状淀粉像水珠样浮在块状物表面。
7．掺麦麸的鱼粉
鱼粉中掺入麦麸镜下可见淡黄色或棕色、片状麸皮。麸皮的外表面有细皱纹，内表面粘附有许多不透明的白色淀粉。
8．掺皮革粉的鱼粉
鱼粉中掺入皮革粉镜下可见绿色、深绿色及砖红色的块状物或丝状物，像锯末似的，没有水解羽毛粉那样透明。
9．掺水解羽毛粉的鱼粉
鱼粉中掺水解羽毛粉镜下可见半透明不规则的碎颗粒，有些反光。同时可见羽毛轴，似空心圆。也可看见未能充分水解的生羽毛。
10．掺虾头或虾肉粉的鱼粉
鱼粉中掺入虾头粉镜下可见虾须、虾眼球、虾外壳和虾肉等。虾壳类似卷曲的云母状薄片，半透明。少量的虾肉与虾壳连在一起。虾眼为黑色球形颗粒状，为虾头粉中较易辨认的特征。虾须在镜下以断片形式存在，长圆管状，带有螺旋形平行线。虾腿为断片宽管状，半透明，带毛或不带毛。
11．掺蟹壳粉的鱼粉
鱼粉中掺入蟹壳粉镜下可见蟹壳特征。蟹壳为规则的碎片状，壳外层多为橘红色，多孔，并有蜂窝状的圆形凹斑。
12．掺贝壳粉的鱼粉
鱼粉中掺入贝壳粉镜下可见贝壳的微小的颗粒，表面光滑，颜色依贝壳的种类不同而有较大差异，有的为白色或灰色，也有的为粉红色。有些颗粒外表面具有同心的或平行的纹理或者有暗淡交错的线束，有些碎片边缘呈锯齿状。
13．掺海带粉的鱼粉
鱼粉中掺入海带粉镜下可见浅灰并间有浅黄斑点的片状颗粒，大小、形状极不规则。
14．掺血粉的鱼粉
鱼粉中掺入血粉镜下可见血粉特征，血粉在镜下颗粒形状各异，有的边缘锐利，有的边缘粗糙不整齐。颜色有呈黑色的似沥青，有的为血红色发亮的小珠。
15．掺入肉骨粉的鱼粉
鱼粉中掺入肉骨粉镜下可见黄色至深褐色的颗粒，含脂肪高的色泽较深，且有油反射的光泽，其表面粗糙。镜下可见很细的、相互联接的肌肉纤维。骨质为白色、灰色或浅棕黄色的块状颗粒，不透明或半透明，带斑点，边缘圆纯。此外还可见到毛发、蹄角等，经常可见混有血粉的特征。
