在持续亏损的状况下，京东商城的这种低价模式遭受质疑并不让人感到意外。中国电子商务研究中心分析师莫岱青说：“要盈利的话，就要摆脱价格战的怪圈，回归到传统零售的本质，去注重产品的质量和服务，提高用户的黏性，因为价格战对电商来讲就是内耗。”京东商城除了继续做大规模之外，降低各项成本，最后使费用率小于毛利率，这时才能真正实现止亏为盈。
京东商城2011年毛利率为5.5%。刘强东曾说：“毛利率低，这是让我们引以为自豪的事情，因为一家零售平台必须提供远低于线下连锁的成本，才能为B2C产业带来价值。京东商城永远不会提价，即使真正进入盈利阶段，盈利也不会来自消费者，而是来自厂商的返点。”但现实是，京东商城的一些商品并不比同行便宜，人们有理由怀疑其低价的可持续性。
中国电子商务研究中心证券分析师冯林说：“京东商城低毛利率运营，从长期看是一个非常不健康的财务状态。以前因为有资本推动，可以通过低毛利、实际亏损的方式去扩大市场份额，但随着IPO渠道的关闭和融资渠道的闭塞，这种方式就变得越来越难。其实，京东商城的商品价格也不便宜，毛利率也开始提升，为盈利做准备。”
有报道称，京东商城的采购环节并不具有相对优势，尽管其品类很多，但单品采购量有限，超过60%的产品品类通过各级代理商拿货，其中近30%的产品是通过炒货形式获取，只有不足40%是厂商直供。如果这属实的话，显然京东商城无法与苏宁、国美相比，自然其整体毛利率偏低。鲁振旺认为，随着国美、苏宁在电子商务领域的崛起，京东商城在家电3C和消费电子领域主动价格战的意图将会越来越弱。
利润来源
京东商城目前的主要利润来源于与供货商的包销模式中获取的产品差价和返点收益。刘强东曾透露，2009年京东商城的毛利率比2008年提高了70%，而这70%的增长全部来自于返点收益。
2012年2月，就有网友在微博曝光京东商城与供货商的合作协议。该协议称，京东商城收取供货商20万元品牌服务费，并要供货商保证京东商城销售总额20%的毛利额。
此外，京东商城还设计出其他收益项目。比如平台使用费。京东商城根据服务类型收取相应比例的佣金，如收取平台使用费6000元等，同时根据不同的店铺经营类目，收取平台保证金1万元至10万元不等。京东商城还对物流服务进行出租;利用收到顾客货款和支付供应商的时间差产生的资金沉淀，进行再投资从而获得赢利;广告费也成为其营收来源之一。莫岱青说：“从商品品类来讲，京东商城现在从3C转型到综合百货类，它的盈利来自直接销售收入、虚拟店铺的出租费、广告费、资金沉淀收入等。”
鲁振旺认为，京东商城未来的盈利关键看其开放平台(POP平台)。目前其POP平台中的白酒、3C销量不错，但更大品类的服装、化妆、母婴均不太理想。
不过，业内人士认为，这些利润还是不足以支撑京东商城庞大的支出，因此挤压成本仍然是其利润的重要来源。鲁振旺推测，包括人力成本、技术、物流和营销支出，2011年京东商城的总成本约30亿元。显然，京东商城需要长期艰难地在成本与毛利率之间寻求平衡。
物流之重
物流的确让京东商城背负起太多期许和压力，以致刘强东不得不对外界呐喊：“如果不考虑在仓储物流系统等前后端持续的大规模投入，我们的确没有亏损。”他充分认识到，京东商城要持续发展，最大的障碍还是来自于物流瓶颈，但物流体系的建设又不可能一蹴而就。
莫岱青说：“京东商城在用户体验方面还是不错的，因为它的速度非常快，服务质量也比较好。但对它来说有一个问题，就是物流的前期投入特别大，需要有足够的资金。从京东商城的销售额来看，虽然从2004年到2011年它高速增长，但因为它在自建物流方面的投入，也造成它目前还处于亏损状态。”
2009年初，京东商城斥资成立物流公司，布局全国物流体系。目前仓储总面积超过50万平方米。在北京、上海、广州、成都、武汉设立了一级物流中心，在沈阳、济南、西安、南京、杭州、福州、佛山、深圳设立了二级物流中心，在全国321个城市建立了分公司，可以提供上门自提、货到付款、POS机刷卡和售后上门服务。
