日本“肯定列表制度”的主要内容是“两个限量”即暂定标准（Provisional Maximum Residue Limits）和一律标准（Uniform Limits）。暂定标准即是对当前通用农药、兽药和饲料添加剂都设定了新的残留限量标准；一律标准即是对尚不能确定“暂定标准”的农药、兽药及饲料添加剂都设定为0.01ppm的统一标准。具体内容包括：
1.对世界上所有使用的农业化学品都设定残留限量标准；
2.对于已有残留限量值或有临时残留限量值参考资料的农业化学品，制定暂定标准，并根据参考资料及新毒理学资料的变化情况每5年复审一次；
3.对于缺少设定残留限量值所需的参考资料的农业化学品，制定一律标准为0.01ppm；
4.对可能致癌而不能设定每日允许限量的农业化学品，仍以“不得检出”（Not Detected）为标准；
5.对于在日本根本不使用、或者只在有限的农作物中使用的农药，其他国家可通过厚生劳动省建立的国外申请系统，申请它们在特定农作物上的使用并制定最大残留限量；
6.禁止销售含有“肯定列表”中未列出的农业化学品以及农业化学品含量超过暂定标准或一律标准的食品；
7.如果原料符合限量标准，则认为其加工产品也符合相应标准；
8.在“肯定列表制度”生效后（不迟于2006年5月），临时残留限量将作为法定标准执行，并给予6个月的过渡期；
9.确定了豁免物质（即明显不会对人体健康构成损害的农业化学品）的名单。
