2014年5月30日，香港食物环境卫生署食物安全中心呼吁市民，不要食用一款由美国Navitas Naturals制造，可能受沙门氏菌污染的有机奇异籽粉。欧洲和美国近年频繁暴发的大肠杆菌疫情和沙门氏菌疫情，多是通过人畜粪便传播给食品，食品再传播给人的。有机农业是其最主要的通道。2011年，德国一家有机农场生产的有机豆芽菜，引发一场波及16个国家的大肠杆菌流行，3000多人因此患带血腹泻，850多人患溶血性尿毒综合征，须终生肾透析，53人死亡。
其实，有机食品即使携带有致病性大肠杆菌，只要经过烹饪充分加热，就可以杀死病菌以安全食用。不幸的是，崇尚有机食品的人大多喜欢生食，认为这样更自然、更有营养。
留民营村的鸡都是集约化圈养。在高密度的养殖环境中，为了预防禽畜生病，使用抗生素在所难免，抗生素大部分会随着粪便排泄出来，之后作为肥料又施到有机农田中，由此，抗生素就可能在土壤中积累，被农作物吸收。欧盟规定，这样的粪便根本不能作为有机肥的原料。但据《财经》记者了解，中国还没有相应的规定。
张同贵称，“中国市场上的有机肥大部分来自于规模化养殖的牛羊等牲畜，含有大量重金属和抗生素”，因此多利农庄只能使用自己生产的有机肥。
需要特别指出的是，与化肥相比，鸡粪、牛粪等有机肥的肥效较低，因此要达到同等效果，有机肥的投入量通常是化肥的5倍甚至更高，中国北方有所谓“亩产万斤菜，亩施万斤肥”的说法。
拒绝化学农药的有机食品，施用的是天然农药，这些天然农药自身也带有毒性。安石榴、鱼藤、葛薯、红花除虫菊等，是有机农业中常用的植物类农药。然而科学研究证明，这些天然的杀虫剂不尽安全。比如，鱼藤酮具有肝毒性，还可能诱发帕金森病;除虫菊酯有的具有神经毒性，其毒性有时比人工合成的拟除虫菊酯还高得多。
为了防御天敌，水果蔬菜体内还会产生天然的杀虫剂。加州大学伯克利分校生物化学教授布鲁斯·埃姆斯(Bruce Ames)研究发现，被测试的64种植物体内产生的天然杀虫剂中，35种是致癌物质。且由于不受化学农药和除草剂保护，经过几代生长后，植物会产生更高浓度的天然致癌物质。
实际上，含有少量残余化学农药的食品不会对人体健康带来伤害。美国佛罗里达大学内分泌学教授珍妮特·西尔弗斯坦(Janet H. Silverstein)称，至今没有确切研究指出普通作物相比有机作物，其农药残留对人体的影响更大。她是美国儿科学会一项有关有机饮食健康益处研究的合作者。
2013年和2014年全国“两会”期间，农业部副部长牛盾也表达了类似观点：有关农药、化肥的问题，关键在于没有科学合理地应用，完全不用并不一定就好。如果常规农业生产能够实现农药和化肥的精确投放，那么产出的农产品就是安全的，不会因为化学品的残留而对人体产生危害。
更营养假说
支持者认为，有机食品与常规食品的营养成分并无显著差别;反对者则认为已有研究未能涵盖有机食品的特殊指标，需要继续深入
至今，科学界尚未拥有足够确凿的科学证据，支持有机食品更有营养的观点。至少，国内外已有的多项研究表明，有机、散养和圈养鸡所产的蛋之间，营养价值并无区别。
“这几年，我的病人总是问我有机食品到底有没有好处，应不应该买，这搞得我很困惑。”斯坦福大学健康政策学院德纳·布拉瓦塔(Dena Bravata)博士在接受媒体采访时称。为了找到明确的答案，她和十几名研究人员搜索了1966年—2011年间发表的6000多篇比较有机和常规食品的论文，并挑选出相关度最高的240篇进行分析。
这个研究团队于2012年得出结论：跟常规蔬果相比，有机蔬果的维生素类、蛋白质、膳食纤维等主要营养物质并无差别。有机食品中磷和酚类物质的含量确实普遍高于常规食品，但论文的主要作者史密斯·斯潘格勒认为，由于很少有人会缺乏磷和酚类物质，这项发现并没有特别大的意义。
此前英国一个大型研究的结果也让有机食品企业感到失望。2009年，《美国临床营养学杂志》刊登的这篇论文称，单从营养角度看，有机食品同常规食品差不多。这项研究由英国食品标准局资助，英国伦敦卫生和热带医学学院的研究人员检索了从1958年到2008年的数万篇相关文献，对其中有价值的100多篇进行了系统分析。结果发现，在氨基酸、脂肪酸、糖、维生素、矿物元素等13种营养成分中，有10种有机食品和常规食品中的含量没有明显差异;两者只是在3种维生素的含量上略有不同，且是因为肥料使用方式不同、收获时间不同、成熟度不同所致。
