2011年7月，四川省政府出台《“十二五”农业科技创新与转化推广发展规划》，针对当前保障粮食安全、统筹城乡发展、转变农业发展方式、农民持续增收等农业各环节中的科技需求提出，到2015年农业科技进步贡献率达到56%。对此四川省科技厅认为，农业科技创新涉及部门多、层次多，科技资源分散，农技推广越位、缺位、错位与生产需求脱节，要进一步提升农业科技水平，必须创新农业科技体制机制。
而四川农业科技创新产业链示范工程，正是以体制机制为突破口，立足服务完整产业“链”发展，创新了技术攻关与产业发展、创新团队与产业发展、平台建设与产业发展和机制体制创新与产业发展的结合方式，切实体现创新与转化、技术与产业、管理与绩效的“三个一体化”，实现生产与市场、技术与经济有机结合。在设计思路上，工程各示范项目都以整条产业链为对象，强调技术集成；在团队组织上，各项目均建立了产业技术创新联盟和多学科、跨领域、跨部门的技术专家团队，参与人员包括了相关领域最优秀的专家，涉及单位之多、学科范围之广、领域跨度之大、专家团队力量之强前所未有；在管理机制上，首次尝试牵头企业和首席专家双重管理机制，首席专家负责项目运行，但主持单位必须是企业，双方共同管理，最大限度提高技术供应效率，破解了生产与科技“两张皮”现象。同时，在项目运行中，采取“创新团队龙头企业示范基地带动农户”四位一体的合作模式，创新成果直接在参与企业应用，并通过建立新品种、新技术、新模式示范基地，进一步向全省辐射推广；龙头企业向上游延伸，建立原料基地，带动周边农户发展；建立企业、专家与农户的利益机制，实现产学研农互动的长效发展模式。在食药用菌产业链，针对品种选育、高效生物技术、产品价格和废弃物利用等，已集成创新14类28项新技术。其中，产业链前端，示范推广工厂化栽培金针菇、杏鲍菇等新品种2000多万袋（棒），新增利润1200余万元；中端，改造食用菌工厂化生产技术，提出食用菌生物转化、规划化生产技术，帮助农民人均增收1500元；末端，开发无硫化食用菌即食食品、下饭菜，创新研发菌茶、咀嚼片、保健品等新产品10余个，每年为企业增收4000万元。
而工程实施以来，四川先后示范推广涵盖产前、产中、产后的科技成果800余项，组建科技特派员工作站、专家大院60个，选派科技特派员1400多名，建立科技示范基地三十余个，核心示范区面积15万亩以上。“通过工程实施中的农业科技发展模式创新，推动了四川农业现代化内生动力的形成。”韩忠成说，在项目实施中，一些产业链还探索了农业产业链与技术链协同推进、企业与专家团队双赢合作、学科交叉融合集成创新的新模式；形成了政府、机构、企业三方参与的多元化科技投入机制；构建了科研单位主动融入市场需求、行业企业主动对接产业链研发机构的科研交叉融合、产学研协同攻关的新体系。
