监管周期长、监管不到位
一个基层工商所可能要管几个乡镇，而执法者往往是几个人，有的基层工商所甚至只有两个人。执法人员除日常市场监管外，还要承担注册登记、消费者投诉等多项任务。以此计算，一个基层工商所真正能安排出来负责巡查监管的最多就几个人，以几个人监管上百平方公里、分布在不同村组的销售网点，即便发现问题也难以及时解决、监督到位。落后的监管手段，不能及时跟进变化的食品消费市场。
市场主体不规范
食品的最初来源地——广大农村食品经营者大都实行分散经营，作坊式生产形式普遍，导致产品种类繁多、品种杂乱，不利于推行标准化、技术化和统一产品质量，这些因素大大制约食品安全水平的提升。更兼之，有些生产者与经营者急功近利，唯利是图，为谋取暴利置消费者的生命健康而不顾，缺乏起码的诚信。具体表现为：一是食品加工企业规模小，多数是作坊式生产，根本谈不上产品质量标准的执行。二是有一部分经营者相关法律及食品安全知识的欠缺。农村小卖部的店主大多是当地农民，他们对商品质量缺乏足够的认识，如：为贪图方便和节省费用开支，一次性购进很多的副食品，导致一部分贮存期短的食品过期变质；以低廉的价格购进劣质食品以获取很大的经济利益；把食品、生活用品、饲料、化肥等混合兼营，乱堆放，使产品互相渗蚀，人食用了危害身体，甚至危及生命。三是诚信经营和售后服务跟不上。在农村小商店，商品的标价混乱，哪种商品紧俏，价格就会上去。有些商品卖出去，根本谈不上什么售后服务，消费者只好自认吃亏作罢。
农村食品安全常识不普及
老百姓形成的饮食习惯、饮食观念与食品安全要求相去甚远。在一些农村地区，由于刚刚解决温饱问题，老百姓还没有形成食品安全意识，也无从了解食品安全知识，更谈不上重视食品安全问题。不法商贩利用农村消费者食品安全意识的淡薄、食品安全知识的贫乏，大肆倾销假冒伪劣食品，频频制造食品安全事故。而监管部门缺乏系统的传播食品安全知识的手段和措施，没有形成有效和坚固的抵御假冒伪劣的防护网。
农村信息化建设相对落后
农村食品安全的信息网络还不完善，多数地区信息滞后，制约了食品安全监管工作的效率。一些地区食品安全的信息相对闭塞，多个职能部门之间缺乏有效的沟通，各部门对自己管辖领域内的食品安全信息一般都具有相应的采集、上报、分析、公布等机制，但部门之间缺乏必要的沟通，导致信息交流相对闭塞，资源无法共享，又得不到充分利用。
经营者自律和社会监督不到位
农村食品市场量大面广，各级行业协会自律、经营者自律和社会监督的作用、经营者自律机制、社会监督机制不够完善，农民群众维权意识、参与意识淡薄，质量和维权意识的社会氛围还不浓厚。
食品安全信用体系尚未建立
农村食品安全信用体系建设相对滞后，对失信行为缺少有效的防范和惩戒机制，违规失信已成为一个带有普遍性的社会问题。一些食品生产经营企业及负责人缺乏食品安全意识，片面追求企业利润，忽视食品安全质量；一些企业诚信意识不强，参与食品安全信用体系建设积极性不高，向社会做出的质量承诺难以兑现，食品消费安全环境不容乐观。
