在国家甘蔗现代农业产业体系的有力支持下，我省针对云南甘蔗产业发展的关键、共性技术开展攻关与集成试验示范，云蔗型品种首次超过外引种，云南甘蔗农业亩产从3.72吨提高到4.2吨，甘蔗含糖分从14.42%提高到14.81%，出糖率由12.3%提高到12.98%，甘蔗产业提质增效步伐加快。
云南是全国第二大蔗糖基地，德宏、保山、临沧等8个州市30余个县的甘蔗种植面积达450余万亩，年产糖量220余万吨，占全国蔗糖产业的20%以上，全省24个边境县中有16个以蔗糖产业为经济支撑。国家甘蔗现代农业产业体系2007年启动以来，我省获得体系岗位科学家岗位3个，综合试验站4个，每年获财政部、农业部经费支撑500余万元，为云南以及国家区域甘蔗产业技术发展提供了资金保障。
在农业部现代甘蔗产业技术体系支持下，云南省农科院甘蔗研究所等单位创新育种思路，大规模开展甘蔗品种选育和改良，“十一五”以来，自主选育的7个甘蔗新品种已成为我省新一代主推品种，使云蔗型品种首次超过了外引种，成功实现了云南省甘蔗品种由自育种、引进种平分天下到自育种占据主导地位的历史性转变。2011年，我省自育新品种“云蔗06—407”被广西列为首批重点新品种，在南宁、柳州等地蔗区规模化示范种植。该品种还被我国最大的蔗区——崇左蔗区提前列为主推品种，加速繁殖。在国家新一轮甘蔗品种预备试验中，“云蔗06－407”在出苗、株高、抗旱性和含糖量等多方面均在参试品种中遥遥领先，仅4年时间就进入了国家区试，品种的种性稳定，育种时间较常规方法缩短了一半，育种效益大幅度提高。
国家甘蔗产业体系涵盖广西、广东、福建、海南等5个南方植蔗省区。通过大联合、大协作，科研与成果实现共享，促进了我省边疆蔗糖产业的发展。据统计，“十一五”末我省自育种占22%，从全国体系单位引进种占30%，台糖品种占48%，实现了云南甘蔗品种的多系布局，特别是实现了早、中、晚熟品种4：4：2的合理搭配，使云南品种结构处于全国最优水平。
