7月3日，卫生部与上海市人民政府正式签定《卫生部 上海市人民政府进一步深化部市合作协议书》和《卫生部 上海市人民政府共建共管在沪卫生部管理单位补充协议》。卫生部部长陈竺，上海市委副书记、市长韩正出席会议并讲话，共同签署相关协议。
陈竺在讲话中指出，医改实施两年多来，国务院有关部门和各地党委、政府一起，积极行动，有序推进五项重点改革，取得了明显进展和初步成效，人民群众已从中得到实惠。但我们也清醒地认识到，随着医改的深入，医改面临的形势依然紧迫。要实现医改的各项目标，必须坚持保基本、强基层、建机制，必须统筹安排、突出重点、循序推进，必须充分发挥各地的积极性和创造性，鼓励和支持各地从实际出发，积极探索，大胆改革，率先在一些关键领域取得突破，积累经验。
据悉，上海的医疗卫生改革一直走在全国前列，上海在公立医院改革、信息化建设等方面都是全国的试点城市，卫生部的很多改革举措均总结借鉴了上海的经验。多年来，卫生部与上海市政府一直保持着良好的部市合作关系：2009年，卫生部和上海市政府签署了《共建共管在沪卫生部管理医院协议》，对6所部管医院进行共建共管。
有关人士称，此次卫生部和上海市政府签署的《进一步深化部市合作协议书》，是在原有共建共管在沪医院合作协议的进一步扩展和提升，合作共建走向深度，内容更加丰富，不仅是在部管医院方面，而且在医疗服务、公共卫生、中医药、食品药品监管、医学科研人才、卫生信息化等各方面。此次卫生部与上海市政府还签署了《共建共管在沪卫生部管理单位补充协议》，进一步共建寄生虫病预防控制所，共同应对新的形势和挑战，提高中国疾病预防控制及科学研究的综合实力，提升上海市疾控工作的整体水平，为中国热带病防治事业作出贡献。
