严格清整和消毒是盱眙龙虾养殖水体生态环境控制的前提条件。盱眙龙虾养殖池清整时首先清除池底过多的淤泥，淤泥厚度不超过10cm。在消毒前一律排干池水清塘后，经阳光暴晒和冬季冷冻，通过日晒和冰冻不仅杀灭病菌，而且增加淤泥的通气性，促使淤泥的中间产物分解、矿化，变成简单的无机物。
其次，移植合理密度水草是盱眙龙虾养殖水体生态环境控制的根本保证。盱眙龙虾养殖池在种苗放养前必须要种植与移植水草，通过水草的生长繁殖来控制和改善养殖水体的生态环境。水草的种类主要有伊乐藻、轮叶黑藻、金鱼藻、苦草、水浮莲、水花生等，水草既为龙虾提供更多的饲料源，促进龙虾的生长，还具有净化水质的功能，为盱眙龙虾生长营造一个良好的环境条件。移植的水草分布均匀，挺水性、沉水性及漂浮性水草栽植保持合理的比例，以适应盱眙龙虾生长栖息的要求。水草覆盖面积达池塘水面的60%以上，挺水性、沉水性及漂浮性水草各占1/3。
第三，培育天然饵料资源是盱眙龙虾养殖水体生态环境控制的有效手段。通常每亩水面放养活螺蛳200-300kg，让其自然生长、繁育。移植的螺蛳既为龙虾提供天然饵料，又对水质有极强的净化作用，为龙虾的生长提供了一个良好的水质环境。虾苗放养前5-7天保持池塘水深50cm，每亩水面施有机肥150-300kg，培育龙虾水体适口的优质天然饵料，提高虾苗的放养成活率。
第四，严格加强水质管理是盱眙龙虾养殖水体生态环境控制的主要措施。例如，水位控制。盱眙龙虾的养殖水位遵循“春浅、夏满”的原则。春季一般保持在0.6米—l米之间，有利于水草的生长、螺蛳的繁育和幼虾的蜕壳生长。夏季水温较高时，水深控制在1米—1.5米，有利于盱眙龙虾度过高温季节。
此外还要适时换水。一般每7天换水1次，高温季节每2-3天换水1次，每次换水量为池水的20%-30%，使水质保持“肥、活、嫩、爽”。还定期地向水体中泼洒一定量的光合细菌、硝化细菌之类的生物制剂调节水体。
第五，加强日常管理是盱眙龙虾养殖水体生态环境控制的重要途径。要保持和维护水草，改善和稳定水质。将漂浮植物水葫芦、水浮莲、水花生等拦在一起，成捆、成片，作为盱眙龙虾的栖息场所，夏季起到遮阴降温作用。此外，坚持早晚巡塘观察盱眙龙虾摄食情况，及时调整投饲量，及时清除残饵，对食台定期进行消毒。密切注意水质变化和测定，每天上午4-5时，下午2-3时定点、定深度各测气温、水温一次。
