2009年1月，FDA最终决定将经过基因改造的动物，归入到“动物药品（AnimalDrug）”类别中。在FDA看来，一个基因片段就相当于一种药品，据此，FDA对转基因动物的规范，将参照注射了激素和抗生素的常规饲养动物的标准来处理。
按照使用动物药品的现有指导准则，FDA可以将那些待批准的产品纳入到一个常规的审批程序当中，剩下要做的就是让这些厂家提供各种数据以供FDA检测。生产商的数据必须证明两点：所实施的基因改造不会给动物造成危害，任何来源于此动物的食品或者其他产品也不会危及到消费者和自然环境。
FDA公布的分析报告正是这个程序的产物之一，这份报告对AquaBounty公司提供的数据与结论都给出了很正面的评估。不过，FDA的乐观并没有得到美国公众的认同，据莱克研究所（LakeResearchPartners）最新的民调显示，有78％的美国人反对FDA批准转基因三文鱼。“在我的印象中，还从来没有这么多人在一件事情上持相同观点。很明显，这次民众对FDA试图推广的东西并不买账。”研究所合伙人JoshuaUlibarri如此评价。
这种评估系统及其透明度因此备受争议。达特茅斯学院（DartmouthCollege）的AnneKapuscinski教授就表示：“我希望看到一个更加透明的系统。让公司来做这些实验是可以的，因为他们可能从中获利，所以应该承担这么一大笔实验费用。但最好这些数据能够被公开，并让独立科学家对其进行评估。”
由于FDA把合成基因视为一种兽药，所以只能对其采用药物审批的规则。而按照相关法规，FDA必须对新药审批的申请信息保密，公众对某种新药的了解程度，完全取决于药品制造商是否愿意公布相关信息。
除了数据不透明外，数据的不充分也被公众质疑。食品与饮水观察组织（Food&WaterWatch）注意到，FDA报告中提到的营养成分研究只涉及144条样品鱼，而过敏性研究中的18条样品鱼中只有6条是转基因三文鱼。“FDA依靠的是从极少数样品鱼中获取的公司数据。这种站不住脚的科学没法让公众相信这种产品是可以安全食用的。”该机构的执行主任WenonahHauter女士批评说。
科学怪鱼？
美国民众对转基因三文鱼的担忧不外乎两种情况：食用这种转基因鱼类会不会危害人体健康？养殖这种转基因鱼会不会破坏生态平衡？
尽管在过去的15年中，转基因农作物及其产品早已经成为美国家庭日常饮食的一部分，但有关转基因食品对人体健康影响的长期研究仍然是一片空白。不过，美国疾病控制中心监测到，自从引入转基因食品以来，因食物过敏引起的临床病例已经增加了265％。许多美国消费者与环保组织反对政府“放行”这种转基因三文鱼的一个缘由，就是担心它有可能让人体产生严重的过敏反应。
给奶牛注射重组牛生长激素（rBGH）致使牛奶中的类胰岛素生长因子1（IGF-1，活性蛋白多肽物质，这种物质除了帮助身体发育以外，也会帮助癌细胞“发育”）大量增加的现象，同样也存在于转基因三文鱼中。FDA对此的态度依然是，IGF－1的增长水平还不足以对健康造成威胁。不过，鉴于转基因肉制品从未在人们的餐桌上出现过，食用转基因三文鱼到底会给人体带来什么影响，任何结论都还为时尚早。
另一个担心则是这种转基因三文鱼会不会变成一种令人恐慌的“科学怪鱼（Frankenfish）”？上世纪末普渡大学（PurdueUniversity）的一项研究认为有这种理论可能，生物学家RichardHoward和WilliamMuir的这个研究被称为“特洛伊基因假说”，该理论的核心是，被释放到野生环境中的转基因鱼类，会像特洛伊木马一样导致当地同种鱼类的整体灭绝。
这种担心不无道理。研究已经发现，转基因鱼类比它们的野生同伴更具异性吸引力和繁殖优势，它们携带的非自然生长基因能更快地在鱼群中传播。研究人员把相关数据放入计算机模型中进行演算之后发现，如果在一个总数60000尾左右的鱼群中加入60条转基因鱼，仅仅经过40代繁殖之后，整个鱼群就会绝种。
这种转基因三文鱼的身材要比普通野生三文鱼大得多，研究人员担心，如果这种改良鱼种逃入自然界自由生活，它们能轻易取得交配优势，也会与野生三文鱼竞争食物和空间，从而破坏自然界原本相对稳定的生态平衡。
为了打消人们的顾虑，AquaBounty公司承诺，只会出售细胞中含有三组染色体的雌性鱼卵给内陆渔场养殖，这种“三倍体”的雌性三文鱼不具备生殖能力，因此不会有基因流向野生三文鱼。但食品与饮水观察组织的Hauter女士仍对此表示怀疑，“繁殖的鱼卵被投入商业生产的可能性非常大”。没有人能确保转基因三文鱼不进入野生环境，就像再充分的安全措施也没能阻止墨西哥湾的石油泄露事件一样。
现在，FDA批准转基因三文鱼的阻力已经不仅来自消费者、环保组织和生物科学家们。在为期两天的听证会结束之后，FDA的兽药咨询委员会（VMAC）以数据不足为由，已拒绝对转基因三文鱼进行投票表决。数日之后，多位美国国会议员也公开督促FDA停止对AquAdvantage三文鱼的审批程序。在一封致FDA局长MargaretHamburg的联名信中，议员MikeThompson这样写道：“于目前的信息不足，以及对人类健康、环境和辛勤工作的渔民家庭生计的威胁，如果FDA批准转基因三文鱼，将是极其不负责任的行为。”
转基因动物就像个潘多拉魔盒，如果FDA给三文鱼放了行，用不了多久其他转基因动物就会在市场上出现。事实上，一种叫做Enviropig的转基因猪早就在实验室中嗷嗷等着出栏了
