2004年，张启发团队向农业部申请转基因抗虫水稻的安全证书，未获通过。当时，绿色和平已经在中国发起反对转基因的运动，媒体上也陆续出现对转基因水稻安全性的质疑。
第二年，研究团队再次提出申请，仍然未获通过。有专家提出，华中农业大学是当事人，不应该自己来做或自己找人来做评价试验。于是，农业部组织第三方进行试验。
申请屡屡受挫，外界很难体会张启发的心情。2007年，一项荣誉或许多少给他带来了安慰。这一年，张启发与袁隆平一起入选美国科学院外籍院士。
到2008年年底，第三方试验完成以后，张启发团队再次提出申请。这一次，农业部农业转基因生物安全委员会没有提出更多质疑。2009年8月，他们的申请正式获得批准。
国内其他的转基因水稻研究团队，至今仍在排队等待安全证书的审批。张启发的研究团队拔得了头筹。
“给你涂上黑油漆”
张启发等来了渴盼多年的安全证书，却也换来一顶“大汉奸”的帽子。
今年2月，在北京的一个研讨会上，当张启发提到中国科学院农业政策研究中心黄季焜博士是“大汉奸”时，与会者不由得会心一笑。因为位列几个“大汉奸”之首的，正是张启发本人，其“罪状”是与美国孟山都这个全球最大的转基因农产品[14.60 0.69%]公司有过合作。
与国外公司进行合作，对研究人员来说是再正常不过的事情。但有网民将他们对转基因技术的恐惧和不满，宣泄到张启发和黄季焜这几位从事转基因技术或者是政策研究的科学家身上。
与“大汉奸”这顶帽子相比，张启发更担心的是，各种关于转基因的不实言论给公众带来误解，并且影响到决策者。他曾经感叹说：“给你涂上黑油漆，你就洗不干净了。”
一些媒体和公众对张启发等科学家在转基因产业化进程中是否存在利益诉求提出质疑。张启发则和同事们提出了将转基因抗虫水稻品种公益化的设想。在张启发门下攻读过博士的浙江大学凃巨民教授说：“如果国家同意，这个产品完全可以公益化。”
反对转基因水稻的声音，让张启发深陷舆论的漩涡。如何与公众更好地沟通，也是他需要直面的难题之一。
