在认证机构的监管方面，肖兴基表示，每年国家认监委都对正规认证机构进行3次检查，还要到认证的基地进行检查，并委托产地农业部门对出产的有机食品进行检测，一旦发现违规操作，认证机构和有机企业都将要受到处罚。记者登录国家认监委网站发现，2008年和2009年，国家认监委分别对北京和沈阳的两家认证公司涉嫌超范围从事认证做出了停业整顿6个月的行政处罚。肖兴基表示，这个行业更多是靠自律。
对“认证机构既是裁判员，又要靠运动员养着”的说法，肖兴基表示：“也有可能，但看认证机构是什么性质。没有经费来源，完全依靠认证，再加上信誉度不高，要自己养活自己，也可能会出现这样情况。”
“有没有出现在这儿认证不过关，但去其他认证机构就过关了的？”记者问。肖兴基表示，这样的例子在行内确实存在，但他觉得，信誉度不高的认证机构，生存空间应该有限。农业部下属的认证机构中绿华夏广东省分中心负责人则表示，去年夏天，该中心正对一家申请有机认证的广东企业进行认证前辅导，并要求其按规定做出一定的整改，不料，两个月后，这家企业却通过另一机构获得了认证。
专家说法
缺诚信体系 菜价还太高
“目前有机市场缺乏诚信体系。”华南农业大学园艺学院教授陈日远认为，一方面，认证机构要严格按照标准给企业和产品进行认证，这方面不能打折。第二，整个运营和营销的过程，生产者也要按照有机认证的要求进行投入，这是生产者的诚信。第三，销售者不能以次充好。
“但由于监管方面不是很到位，这三个方面目前都不是很完善，这就造成消费者对有机蔬菜信息不足。”陈日远建议，政府要加大对有机认证机构的监管，而随着销量的增加和技术的进步，有机蔬菜的价格也应该适当降下来，才能符合市场的需求，也有利于有机市场的良性发展。
正规认证流程
企业索取申请资料（包括有机产品认证申请书、有机产品认证调查表、检查通知书、检查计划、有机产品文件检查报告）等
申请者填写有机产品认证申请书，领取检查合同、有机产品认证调查表、有机产品认证的基本要求、有机认证书面资料清单、申请者承诺书等文件
签署检查认证协议
交纳申请和检查费用（约是估算费用的50%）
实地检查（专业资质的检验员对申请者的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测）
