问题出在“悄然”而至
与任何新事物新产品问世一样，转基因产品也必然带来不同的看法和争论。简单概括一下，持赞成观点的主要依据有：（1）转基因技术可增加粮食生产、减少生产的投入，有助于解决世界范围的粮食问题。（2）转基因农作物具有抗病虫害、抗除草剂的特性，可减少杀虫剂、除草剂的使用，有利于环境保护。（3）转基因技术可以通过利用某些基因，增加食物品种，改善食物品质，使食物更加可口。（4）转基因技术可准确地生产人类想要的动植物品种，克服传统嫁接及杂交技术的不确定性。此外，癌症等顽症的治疗亦可望取得突破。
而持反对立场的观点则指出：（1）转基因技术使不同物种的基因相互融合，而对其后果却无法控制，因而可能造成基因污染，引起生物安全上的问题。（2）转基因食品可能存在毒性问题，对人的负面影响可能有很长的潜伏期，而其对人体的长期影响尚难以确定。（3）某些人对转基因食品存在过敏反应。（4）转基因食品的营养作用、对抗生素的抵抗作用、对环境的威胁等问题尚未得到证实或解决。（5）一些实验已经表明了转基因食品的负面影响。
到目前为止，转基因食品尚未能从科学原理上被证明完全无害或确定有害，支持和反对双方都不能给公众一个明确的保证。在这种情况下，依照国际惯例是将选择权交给消费者，由其自主做出吃或不吃的决定。选择的前提当然是知情，是透明的决策过程和相关产品的标识制度，但是据报道：“昨日上午（2009年12月1日），记者发现，在中国生物安全网公布的’2009年第二批农业转基因生物安全证书批准清单’上，备受争议的转基因水稻、玉米‘悄然’出现在４３个品种的末三位。”
如此“悄然出现”、“悄然批准”，公众何以知情？又何以选择呢？
