2007年12月，时任国务院法制办主任曹康泰受国务院委托作草案说明时透露，产生食品安全问题的一个主要原因，是现行有关食品卫生安全制度和监管体制不够完善。对此，食品安全法草案对症下药，一一破解:建立以食品安全风险评估为基础的科学管理制度;建立食品安全事故预防和处置机制，提高应急处理能力;强化生产经营者作为保证食品安全第一责任人的责任;建立分工明晰、相互协调的食品安全监督体制;建立畅通、便利的消费者权益救济渠道。
当时的舆论认为，食品安全法草案焊牢了食品安全监管链条。
针对三鹿奶粉事件，食品安全法草案作出了8项重要修改
起草者思考的问题，同样是审议者关注的问题。
在2007年12月的十届全国人大常委会第三十一次会议和2008年8月的十一届全国人大常委会第四次会议上，食品安全监管体制一直是争论的焦点。
审议者不明白，“十来个部门怎么就管不住一头猪”?一些全国人大常委会组成人员在参加执法检查时发现，卫生部门只检查卫生，看到有人给肉注水却管不了，因为那是工商部门的职责。多头管理，反而成了没人管理。为确保法律的实施效果，他们建议，将多头、分段的监管体制，改为由一个部门主管、实行全程监管，或者在原有监管体制的基础上，明确一个主管部门。他们还退了一步，“如果难以做到，建议设立食品安全委员会统一监管，其他部门根据自己的职责分工，相互协调、各负其责”。
不过总体而言，大家普遍认为，二次审议稿修改得比较好，建议进一步修改完善后尽早通过。
但是就在十一届全国人大常委会第四次会议闭幕后的几天里，三鹿有毒奶粉事件浮出水面。
2008年9月10日，陕西、甘肃、宁夏等地出现多个婴儿患肾结石病例，疑为食用问题奶粉所致。11日，三鹿集团承认奶粉受三聚氰胺污染。稍后，不少品牌奶粉被检出含有三聚氰胺，近30万名婴幼儿受到损害，5万余名婴幼儿需住院治疗。一时间，老百姓“谈奶色变”。
这个突发事件成了食品安全法草案的试金石。
“随着三鹿奶粉事件的情况每天被披露，我们就对照着现在的草案，看对暴露出的问题是否能管得住。”李援说，“几乎是和事件发展同步的，今天看到有问题，就加一条，明天又有新的问题了，就再加一条。”
三鹿奶粉事件中，最致命的问题便是添加了三聚氰胺。为此，草案三审稿增加了两条规定，其一是卫生部门在制订食品添加剂标准时，要经过风险评估，证明食品添加剂是“安全可靠、技术上确有必要的”才能列入食品添加剂目录，不得在食品生产中使用食品添加剂以外的化学物质或者其他危害人体健康的物质。
立法部门发现，三聚氰胺的添加是在奶站环节，也就是在牛奶被企业收购之前，就被添加了三聚氰胺，而奶牛养殖及牛奶收购站归农业部门管理。此前的草案中，因为规定食用农产品由农业产品质量安全法负责，所以农业部门是被排除在食品安全监管链条之外的。于是，三审稿在二审稿“建立健全食品安全协调机制”的基础上，又增加了“县级以上地方政府要对食品安全实行全程的监督管理”规定。
立法部门还注意到，对于三鹿奶粉存在的问题，很早就有人举报反映，但直到9月才被处理。为此，三审稿增加规定，要求国务院有关部门在获知有关食品安全风险信息后，立即向国务院卫生行政部门通报。国务院卫生行政部门通过食品安全风险监测或者接到举报发现食品可能存在安全隐患的，应当立即依法进行检测并进行食品安全风险评估。
在这次奶粉事件中，有不少被检出三聚氰胺的产品是国家免检产品。事件发生后，国务院已经废除了食品的免检制度。草案三审稿更是从法律高度明确，对食品不得实施免检。
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