农产品质量安全事故须通报
《食品安全法》确立了卫生部门会同有关监管部门调查处理的食品安全事故处置制度，明确发生、发现食品安全事故，发生单位和接收病人进行治疗的单位应当及时向县级卫生行政部门报告，农业、质监、工商、食药等监管部门应当立即向卫生部门通报，由卫生部门会同有关监管部门调查处理；发生重大食品安全事故，县级以上人民政府还应当成立事故处置指挥机构，启动应急预案。按照《农产品质量安全法》，发生农产品质量安全事故，有关单位和个人应当向乡级政府和县级农业部门报告，由收到报告的机关处理。
按照“两法并行”的规定，食用农产品质量安全事故报告和处置原则上仍应适用《农产品质量安全法》，但考虑到《食品安全法》和国务院关于食品安全监管的职能分工明确由卫生部门“组织查处食品安全重大事故”，对于重大农产品质量安全事故，可以由卫生部门组织查处。此外，农业部门发现食用农产品质量安全事故，无论重大与否，都应当向卫生部门通报，而不宜拘泥于《农产品质量安全法》仅重大农产品质量安全事故才须通报的规定。
食品进出口的多数规定适用于农产品进出口管理
《食品安全法》规定，进口的食品、食品添加剂及食品相关产品要符合我国的食品安全国家标准，进口尚无食品安全国家标准的食品，或者首次进口食品添加剂新品种、食品相关产品新品种，应当通过国务院卫生行政部门的安全性评估；进口的食品应当经出入境检验检疫机构检验合格，向我国境内出口食品的出口商或代理商、境外食品生产企业应当经国家出入境检验检疫部门备案、注册等此外，还对进出口食品安全信息通报、进出口企业不良记录公布等作了规定。
由于《农产品质量安全法》仅在第42条对农产品进口作了原则性规定：“进口的农产品必须按照国家规定的农产品质量安全标准进行检验；尚未制定有关农产品质量安全标准的，应当依法及时制定，未制定之前，可以参照国家有关部门指定的国外有关标准进行检验。”笔者认为，《食品安全法》关于食品进出口的多数规定是可以适用于食用农产品进出口管理的。
食品安全监督管理体现分工协作原则
按照“两法并行”的原则，《食品安全法》有关监督管理的规定主要适用于卫生、质监、工商、食药部门，但也有涉及农业部门的3处规定：
第77条第2款，明确县级以上农业行政部门依照《农产品质量安全法》规定的职责，对食用农产品进行监督管理。
第82条明确国家食品安全总体情况、食品安全风险评估信息和警示信息、重大食品安全事故及其处理信息、其他重要的食品安全信息和国务院确定的需要统一公布的信息，由国务院卫生行政部门统一公布；但食品安全日常监督管理信息仍由农业、质监等其他监管部门依据各自职责公布。
第83条，强调包括农业部门在内的各地方监管部门获知需要统一公布的信息，应当及时报告上级主管部门，由后者报国务院卫生行政部门；各监管部门间应当相互通报获知的食品安全信息。这是分工协作原则的具体体现。
乳品、转基因食品等管理优先适用该专业法规
在《食品安全法》出台之前，国务院先后出台了《农业转基因生物安全管理条例》、《乳品质量安全监督管理条例》等行政法规，对转基因生物安全管理、乳品质量安全管理等作了专门的规定。为做好《食品安全法》与这些行政法规的衔接，维护法律的稳定性，《食品安全法》第101条强调：“乳品、转基因食品、生猪屠宰、酒类和食盐的食品安全管理，适用本法；法律、行政法规另有规定的，依照其规定。”据此，乳品、转基因食品的监管，优先适用《农业转基因生物安全管理条例》、《乳品质量安全监督管理条例》的规定，在两部条例没有规定的情况下，应当适用《食品安全法》。
