畜禽遗传资源是重要的生物资源，它是生物多样性的重要组成部分，也是生态系统的有机组成，畜禽遗传资源保护是关系到畜牧业可持续发展和生物多样性的重大问题。畜禽遗传资源具有不可再生性，一旦丧失，就无可挽回。畜禽遗传资源的枯竭，将使畜牧业面对自然条件的变化（如突变出现新的病原体以及日愈加剧的环境恶化）丧失自我调节和抗衡的能力。
由于为数不多的品种的良种化推广及杂交改良的普及，在世界范围内逐渐取代了当地固有畜禽品种，使地方畜禽遗传资源日趋贫乏，遗传变异性愈来愈窄。全球畜禽品种资源目前正以前所未有的速度递减，2004年，FAO估计，目前全球有35%的家畜品种和63%的家禽品种面临灭顶之灾，目前,世界上畜禽品种仍以每周减少1个~2个品种的速度消失，其中灭绝速度最快的畜种是马、牛和猪。欧美等国家在认识到畜禽资源的重要性之后，纷纷加强了畜禽遗传资源保护的组织与管理，以及生物技术保种的科学研究，并广泛实施了常规保种项目。
我国畜禽遗传资源濒危的状况
我国地方畜禽类群是中华民族的宝贵遗产，对我国畜牧业的可持续发展有极其重要的意义。但是因为某些地方类群的生产性能不能适应变化中的市场需求，更多情况下则是由于人们对有些地方类群资源的优良特性认识不足，简单地采用了以引入外来品种取代或盲目杂交改良的手段，致使其中一些极有潜在遗传和经济价值的地方类群的数量下降。2000年调查的17个省的331个类群中，处于濒危或将要灭绝的类群为59个，另有7个类群已经灭绝。同时约有93%的猪、44%的马和驴、35%的牛、20%的家禽、15%的绵山羊种质资源受到不同程度的威胁。
2005年，全国人大常委会通过了《畜牧法》，对畜禽遗传资源保护利用作出了全面规定，明确了资源保护利用工作的责任，为新时期开展畜禽遗传资源保护利用工作提供了法律保障。
我国畜禽遗传资源保护工作主要措施及存在的主要问题
面对日益严峻的畜禽资源灭绝危机，我国建设了一定数量和规模的资源保种场、保护区和基因库。包括97个国家级畜禽资源保种场和16个资源保护区，1个畜禽牧草种质资源保存利用中心、6个基因库，构成了我国现有资源保护体系的主体，承担着畜禽遗传资源保护的任务。
我国畜禽遗传资源保护工作存在的主要问题包括：市场经济使畜禽类群趋于单一化；畜禽遗传资源的研究和开发水平有待提高；栖息地环境遭到破坏，生存受到威胁；收集、保护力度不够，资源流失严重。
在目前条件下,大多数原产地活体保护由于受到资金、技术、管理等客观条件的限制,效果差、效率低。建立专门畜禽遗传资源保护基地，对畜禽遗传物质（冻精、胚胎和体细胞）的保护，显得非常必要。
用于畜禽遗传资源保护的生物技术
精液冷冻技术。家畜精液保存技术是二十世纪随着人工授精技术广泛应用而生产的，原理是通过降低或抑制精子新陈代谢程度达到延长精子在体外寿命的目的。目前世界多数国家都在建立动物精液基因库，其目的是将濒临灭绝的珍稀动物和优良品种，特别是某些优良地方品种，以冷冻精液的形式长期大量保存，以便将来随时取用。
胚胎冷冻技术。胚胎冷冻保存是指通过特殊的保护措施和降温程序，使胚胎在-196℃条件下停止代谢，而升温后又恢复代谢能力的一种技术。1972年Whit ingham等首次在超低温条件下成功地冷冻保存了小鼠胚胎。80年代后非手术技术日臻完善，从此胚胎移植技术作为一项家畜保种技术得到了广泛应用。
体细胞冷冻保存与克隆。1997年体细胞克隆绵羊“多莉”在英国“诞生”，从此动物克隆研究进入了一个崭新的天地。在国家“863”计划资助下，由中国农业大学通过体细胞克隆技术，于2002年4月27日成功地克隆了我国第一头地方优质黄牛———红系冀南牛；2006年8月我国又成功克隆了香猪，这是我国在动物体细胞克隆领域取得的又一重大进展。在体细胞冷冻保存与克隆技术的基础上，通过对现有濒危品种进行细胞保种，为开展非生殖细胞的保护工作开拓了广阔的前景。
胚胎干细胞保种。胚胎干细胞是多能性、且在体外可无限制地扩增的一种细胞。胚胎干细胞在适宜的条件下，即可向某一特定的方向分化，并形成特定细胞分化类型（精子或卵子细胞等），因此胚胎干细胞可以有效地保存和利用畜禽遗传资源。另外，利用冷冻干细胞作为核供体，迅速扩增胚胎，可生产克隆动物，也是畜禽遗传资源保护的方法之一。
