政出多门，缺乏自律
保健食品市场鱼龙混杂、泥沙俱下最主要的因素是企业自我规范、行业自律力度欠缺，同时也与长期以来政出多门有关。
我国对保健食品的监管工作始于上世纪80年代。1987年，卫生部颁布了《中药保健药品的管理规定》，这标志着保健品行业的出现;1995年，《食品卫生法》首次明确将保健食品纳入管理范畴;1996年，卫生部颁布了《保健食品管理办法》，结束了营养功能性食品准入无法可依的混乱局面;1999年《保健食品良好生产规范》的施行，使我国保健食品的生产走向规范。
可是，由于长期来体制方面的原因，我国保健食品行业出现了政出多门的现象。从保健食品行业确立法律地位的1995年起至2007年止，12年的时间里，我国共出台了保健食品相关法规规章128部，涵盖产品注册、GMP认证、执行标准、生产许可、经营许可、广告审查、市场监管、进出口管理等多个方面。这么多的法规，不要说企业一般管理人员，就是企业的负责人要完全掌握、吃透，恐怕难度太大。而且，多个行政主管部门在制定法规时如果协调不到位，法规撞车的现象就不可避免地会发生，这让守法企业无所适从，因此，一些企业无奈只好选择放弃钻研法规，并采取消极应付的方式，而违法企业却如鱼得水。
业内人士注意到，很长一段时间以来，保健食品的监管存在职能交叉、职能重复以及监管部门变动的现象。2003年前，保健食品归卫生部监管，2003年，保健食品的主管部门由卫生部移交给国家药品监管局，市场监管进入了一个新阶段，但在划归国家药品监管局主管之后，仍有省级及其以下的卫生行政管理部门违反规定，批准加药的普通食品为“机能食品”、“功能食品”、“特殊食品”等“类保健食品”。这些被违规批准的“光脚产品”无法查询，生产亦不可控，虚假夸大的宣传也很难遏制，加重了保健行业的信誉危机。
更何况，在具体监管过程中，还涉及到质检、农业、工商等部门，有业内人士说具体监管部门曾多达11个。这样的多头监管，在齐抓共管的过程中，由于职责不够明确，或者部门之间相互推诿，很有可能造成要么大家管、要么大家都不管的现象，这种现象在包括保健食品在内的食品监管中，并非少见。当然，随着我国实行“大部制”，国家食品药品监管局纳入卫生部管理，保健食品监督管理的职责由卫生部划入到国家食品药品监督管理局，药监和卫生两个部门之间的“扯皮”现象可望得到解决。然而，省级以下的药检部门并没有明确划归卫生部门管理，两个部门属于并列关系，因此，保健食品的基层监管问题还有待“磨合”。
