其次，即使获得了大量纤维质，要将其变成液体燃料，还需要巨大的资金投入。而且从技术上实现也是一个相当复杂的过程。
一般来说，纤维质必须首先被分解成糖，接着再发酵。为了让纤维素分解，雷奇燃料公司采用高温加热，有的公司尝试使用化学酸剂，还有公司使用人造酶甚至是微生物来降解这些纤维素，还有另外一些公司，例如美国威斯康星州的Virent能源系统公司则使用矿物质催化剂将原料直接变成汽油而没有中间程序。
可见生物加工是整个流程中竞争最为激烈、也最为关键的一个环节，因为这直接决定了生物燃料的利润空间。Qteros公司的首席执行官威廉·弗德说：“生物处理过程是竞争的王牌。”美国蓝火乙醇燃料公司总裁柯蓝说：“到目前为止，还没有人知道究竟哪种技术是最佳选择。”
第三，供求关系和油价也会影响生物燃料的吸引力。
现在，制造生物燃料所需要的植物或者废物原料都非常便宜。以加州兰开斯特市的蓝火公司为例，蓝火公司使用废纸和其他城市废物来生产生物燃料，这些原料都是从社区中回收的，不需要付费。
可是如果生物燃料的产量增加，那么将会导致对原材料的需求上扬、价格上升，就如去年玉米乙醇产量的增加让全球玉米的价格快速上涨一样。更重要的是，供求规律意味着用生物燃料替代一大部分汽油将会使汽油的需求量急剧减少，这反过来也将导致汽油价格猛跌，会大大削弱生物燃料的竞争力。去年下半年美国汽油消耗同比下降了5％，美国汽油价格从每加仑4.14美元下降到1.74美元，这大大抑制了生物燃料的热情。位于科罗拉多州的Range燃料公司的首席执行官戴维·奥尔德斯说：“石油价格一旦很低，生物燃料对消费者的吸引力就会大打折扣。”
任重而道远
现在，杜邦公司和英国石油公司就正在研制丁醇；有公司在研究同汽油更加相似的碳氢化合物，这些燃料可与目前存在的提炼厂、管线和交通工具兼容；还有一些新兴公司正在制造能够将任何来源的糖转变成柴油、类似汽油的分子或者喷气燃料的微生物。如美国科罗拉多州的Gevo公司计划在玉米乙醇工厂将终端产品变成更加接近柴油或者汽油的燃料。
因此，可再生生物燃料的未来可能就是：农夫将种植数以千万亩的柳枝稷和其他能量作物，而不是粮食。通过在土壤中添加碳，可以让这些作物应对全球气候变化并将其变成低碳燃料，并无缝地输送到加油站和汽车或卡车的油箱。
而这一切，可能只有大公司才能完成。经济学家估计，在未来可再生生物燃料方面，可能的获胜者将是一些财力雄厚并且富有耐心的公司，比如英荷壳牌石油集团、英国石油公司、杜邦公司、农业巨头阿彻—丹尼尔斯—米德兰公司以及其他少数制药等行业获得的丰厚利润作为启动资金的公司。目前在美国最为活跃也最被人看好的新兴生物燃料公司有两家，一个是杜邦和丹麦食品配料生产商丹尼斯克（Danisco）共同出资建立的杜邦—丹尼斯克合资公司；另一个是BP鼎力资助的美国生物燃料技术公司范恩尼姆(Verenium)。
至于其他公司，美国生物科技公司克迪科思(Codexis)总裁阿伦·肖直言：“有些技术也许能占有一席之地，但大多数将被淘汰。我们看到了风险资本的泡沫，我不知道这些小公司如何能够经营好这些业务，那些投资者能否收到预期的回报是个大问题。”
可以预计，可再生生物燃料实现现有技术的成功商业化还需要长期的实践与等待。(亦云)
