首发地可能是美国
这次，已知最早的病例是在墨西哥的韦拉克鲁斯州发现的。爆发的源头是该州的拉格格里亚村，第一例病例出现在2月15日左右。
不过，英国帝国理工学院的尼尔·弗格森及其同事在《科学》杂志上撰文称，这一说法主要基于报道，而不是确凿的证据。基因分析表明，也许早在1月12日左右就有人感染了这种病毒。
香港大学的病毒学家加文·史密斯与来自美国和英国的流感专家一直对甲型H1N1流感病毒进行分析，以找出它演变的方式和时间。他们认为，病毒上一代共同的“祖先”，很可能6?11个月之前就已经出现了。
此次疫情虽然最先爆发在墨西哥，但郭元吉认为，新病毒首发地很可能是美国，而不是墨西哥。
他说，从历史上看，猪流感最初就发生在美国西部和北部的猪群中，20世纪70年代才通过猪种交换传入欧洲，此后又传到亚洲。中国大陆直到1991年才首次在猪群中分离到猪流感病毒。
猪流感不是世界动物卫生组织(OIE)规定报告的动物疫病，因此全球动物感染情况的分布尚不清楚。但WHO在公布的猪流感常见问答中也指出，猪流感被认为是美国的地方病。目前已知，北美洲和南美洲、欧洲(包括英国、瑞典和意大利)、非洲(肯尼亚)和东亚的部分国家(包括中国和日本)都曾发生过猪之间的猪流感爆发。
之前，人感染上猪流感病毒的病例也偶有发生。
最著名的例子是1976年美国新泽西州迪克斯堡新兵营中发生猪流感爆发，导致200多人感染，并造成一人死亡，但该猪流感病毒在大约一个月后销声匿迹。
自1976年以来，美国几乎每年均有猪流感病例，甚至还有死亡病例。郭元吉说，对美国一些宰猪场工作人员调查发现，至少20%的人含有猪流感病毒抗体。
美国疾病预防控制中心的负责人理查德·贝瑟似乎也认同这种观点。他对《今日美国》说，这次流感爆发似乎根源在美国和墨西哥，其他地区的大部分病例都是由于旅行传染。该中心报告说，大约90%的美国病例都是在美国本土发生的，与到墨西哥旅行无关。
