到底是谁传给谁
世界卫生组织(WHO)4月24日确认墨西哥发生流感疫情，并将这种流感称为“猪流感”。这一名称随后带来了诸多误解。实际上，在美国和墨西哥接连出现甲型H1N1流感患者的同时，并没有发现任何猪只在感染或传播这种病毒。
直到5月2日，情况才发生变化。加拿大阿尔伯达省一家养猪场的2200头猪里有220头被发现感染了流感，基因分析发现流感病毒基因与人身体中的甲型H1N1病毒非常接近。不过，这些猪并不是病毒的源头；相反，它们是被人感染的。
养猪场的一名工人4月12日从墨西哥返回加拿大，并于两天后投入工作。他回国之后出现了流感症状，加拿大的研究人员认为他可能将甲型H1N1流感病毒传染给了猪。
一种担心认为，假如甲型H1N1病毒在猪的体内再与其他亚型的流感病毒，比如H5N1病毒，发生重配，后果可能是灾难性的。“任何时候，不光是在现在的情况下，我们都知道这是一种适应性非常非常强的病毒，它随时可能与人、猪或鸟类的流感病毒重新混合。这是我们正在持续关注的。”加拿大首席公共卫生官巴特勒-琼斯(Butler-Jones)5月2日在新闻发布会上说。
他同时还说，这种病毒并不是一种猪病毒，因为我们没有看到它在猪之间传播，将它称为“猪流感”是因为它基因片段的大部分来自于猪。“但是它是在猪体内发生的突变，还是在人体内某些因素契合的时候发生的突变，我们并不知道。”
“我们可能永远都不会知道。”他说道。历史上，1918年大流感究竟是鸟传给人的还是猪传给人的，迄今没有确切的结论；SARS的起源也有许多不同的说法。
墨西哥发生流感疫情后，一种主流的说法是，新病毒混合了猪、人和禽流感的基因片段。但这种说法让哥伦比亚大学的拉巴丹及其同事感到莫名其妙。拉巴丹等人研究的结果显示，H1N2和H3N2型流感病毒都对新病毒的基因有贡献，而这两种亚型的猪流感病毒都是在1998年之后在北美发现的。“(其中)来自1998年和1999年的H3N2猪流感病毒的确是三者重配而成的，但自那以后所有相关的分离物都只是在猪身上发现的。”他评论说。
1998年，一种高致病性的流感病毒开始在美国北卡罗莱纳州怀孕的母猪之间传播，这种病毒后来传播到了得克萨斯州、爱荷华州和明尼苏达州更多的猪身上。当时科学家曾担心这种新的病毒会在人群中暴发，但这种担心并没有成为现实。
拉巴丹及其同事对甲型H1N1病毒基因进行的分析表明，该病毒的近代祖先都是在猪身上发现的病毒。至于为何没有发现新病毒在猪群中传播，拉巴丹认为，“现在不清楚这是因为对猪群的监测不够，还是因为这种病毒是在一次非常晚近的重配事件中产生的。”
另一名来自美国马里兰大学的计算生物学家史蒂芬·萨尔兹堡(Steven Salzberg)也是以上结论的发现者之一，他表示不会因为暴发流感而责备养猪场，因为猪流感在猪之间是非常常见的。他真正想做的是了解甲型H1N1病毒谜一样的出身。
