跨物种传染病可能起源于农场或农贸市场，这样的环境充斥着各种病原体，并且很利于病原体繁衍，这就给它们提供了充足的机会相互交换基因、侵袭外来宿主（比如正在农贸市场买菜的你）。病原体在物种间的转移也可能发生在下面这种情况下：在印度尼西亚街头，一个以溜猴表演为生的人让他的猴子突然窜到观众的头上。另外，在你的肠道内，两种不同的细菌也可能像病毒一样发生基因交换，进化出致病能力，让你变成一个携带者致病原的宿主。
这类从动物传播至人类的疾病统称为人畜共患病（zoonose）。在这些疾病中，至少有30多是我们直接接触动物而染病，另外40多种则通过动物的叮咬等让人患病。但是人类体内某些携带者病原体的寄生虫是不会挑剔宿主的，因此人类疾病也会危害动物，比如在郊外旅行等看似无害的活动，人们也许会把疾病传播给动物。
如果一种细菌或病毒能对一种生物产生致命伤害，那么它也可能迅速进化出感染另一种生物的能力——目前刚刚爆发的猪流感病毒就是最新例子。实际上，除了猪流感外，还有很多致命性传染病都是从动物传至人类，或从人类传至动物。
1、流感大流行
目前在几个国家突然爆发的猪流感，完全无法与历史上的流感爆发相提并论。但是，随着地球上的人口不断增加，越来越多的人拥挤在城市里，其中大多数人又能够轻而易举地到处旅行，全球大爆发的潜在可能性仍然不容忽视。
流感的历史令人毛骨悚然：1918年流感大流行在几个月内横扫全球，估计造成5,000万人死亡——超过其他任何疾病在如此短暂的时间段内导致死亡的人数。
当时全球有1/5的人口受到感染，美国的感染人数占全国人口25%。其他一些流感病毒主要导致老人、孩子和免疫系统不健全者死亡，但1918年的流感病毒不同，主要攻击年轻成人。在这一年内，美国人的平均寿命下降了12岁。
1918年流感大流行期间，西雅图的警察戴着红十字会特制的口罩。市民被要求呆在家里，避开拥挤的场所。图片中的警察正在巡逻街道，确保公共安全。
今天，各国政府在处理流感爆发时更有准备，更科学，也更合理。不过，目前仍然没有猪流感疫苗，可能需要几个月、甚至更多时间才能开发出这种疫苗。
2、黑死病
15世纪的一本圣经中对黑死病的描绘。
没有任何一场疾病能够像14世纪的黑死病（又称淋巴腺鼠疫）那样肆虐全球，使人类文明屈服。这是一场典型的瘟疫。从欧洲到埃及，再到整个亚洲，死尸在街道上堆积如山。大约7,500万人死亡——而在这场瘟疫爆发之前，全球人口总共只有3.6亿。死亡成了家常便饭，这是极其痛苦的一件事情。
鼠疫是由耶尔森氏杆菌（Yersiniapestis）导致的一种细菌性疾病。这种杆菌主要由啮齿动物甚至家猫携带。如果能够在人与人之间传播，就像14世纪初出现的情况那样，这种杆菌就会变得极其致命。鼠疫的症状包括发烧、发冷、虚弱、浮肿和淋巴结疼痛。即使在今天，如果得不到治疗，得了鼠疫也是必死的。
14世纪黑死病的罪魁祸首是一种罕见的细菌，它们在亚洲的戈壁沙漠已经沉睡了好几个世纪。这种细菌在14世纪20年代被唤醒之后，沿着丝绸之路从中国穿越亚洲，最终于1347年抵达意大利，后来传入俄罗斯。
一些国家花了好几个世纪才恢复元气，因为一些幸存者开始质疑当局，有些甚至不再相信上帝，认为他们所受的苦难是上帝的神谴。
