日本渔业管理方面有以下几个特点：
渔民都是协会会员
日本所有的渔民都是大大小小渔业协会组织的成员，日本的渔业协会组织主要是按照地域来划分。日本在制定宏观渔业政策时，比如确定年度分地区、分鱼种的捕捞配额、确定禁渔期和禁渔区、确定增殖放流品种和数量，都必须经过渔业协会的同意才能制定和执行。日本的渔业协会从地方到中央大致有4个层次：乡级（町）、省级（都、道、府、县）、海区级和内陆流域级、国家级，所有渔业政策都自下而上逐级讨论通过后才能确立，然后通过政府和渔民组织两条线自上而下组织实施。这种体制的好处在于将分散的渔民组织起来了，管理对象参与进管理的过程中，有关渔业政策一经确立便能有效执行。
不过这种管理体制也有弊端，由于讨论范围广泛，不仅容易影响行政效率，也导致了制定政策时的行政成本过高。
吃鱼民族的渔业经济
在日本，渔业经济在整个国民经济中所占比重很小，但是日本人一直将自己定义为吃鱼的民族，渔业在其历史传统和文化中占有十分重要的位置，加上日本土地资源少，海洋渔业资源是其初级生产力的重要来源。这一切都使得日本高度重视渔业的经济基础地位，十分注重对渔业管理政策从经济学角度进行深入细致的研究。例如历史上长期形成的渔业权制度和渔业协会组织（日本叫渔业协同组合）实际是海洋渔业物权、用益物权良性关系的确立及其有效的实现形式，是确保渔业经济长期稳定发展的重要的生产关系。再如当前日本渔业经济遭遇发展瓶颈，农林水产省委托有关政策研究机构对渔业经济的生产、加工、流通、消费各个环节进行全面研究，查找产业发展问题，分析主要矛盾。就目前形势来说，日本渔业经济在各环节均不同程度存在问题，但主要矛盾在于消费倾向的变化，日本的年轻一代对鸡肉、牛肉等蛋白质食品的消费量越来越大。为此日本政府正在采取改进加工方法，强化渔业文化教育，甚至举办水产品烹饪技术培训等对应措施努力恢复水产品消费市场。
整体而言，日本人希望通过完善管理政策和加大技术支持力度将水产品最大的营养价值生产出来，实现最大的经济价值，让整个产业链的从业者都能获得公平的经济利益。
靠海吃海要爱海
日本是一个岛国，陆地资源少，受海洋气候影响大，生态系统相对单一，这使得这个国家历来高度重视海洋环境保护。由于担心全球变暖、海平面上升等灾难性后果，日本在减少温室气体排放等环境保护政策上甚至不惜与美国意见相左。
具体在渔业方面，日本推崇保护渔业生态环境，维持鱼类的自然属性。日本一位教授坦陈，上世纪50年代和60年代，日本渔民大肆在东海和黄海捕鱼（甚至到中国领海内生产），严重破坏了上述海域的渔业资源。但随着国力强盛，日本对资源保护力度不断加大，通过资源研究摸清了“家底”，对捕捞生产实行了TAC、TAE制度，资源正逐步恢复。
此外，随着经济规模的不断扩增、海洋围垦面积扩大、工业污染加剧，日本沿海海域环境也在逐步恶化。为此日本制定了资源环境恢复计划，投入大量经费用于环境基础研究，加速环保科技转化。由于能够根据经济全局发展需要，站在整个生态系统的高度并从提高海域基础生产力入手落实海洋环境恢复工作，目前的海域情况和日方提供的个案及数据显示，日本周围海域的环境已得到相当程度的改善。
日本的环保、生态意识也深深影响着日本的水产养殖业。日本渔业科研工作者和渔民总是努力模拟海洋自然环境养殖，实现鱼类的自然生长，不仅仅追求高产，而且严控质量并千方百计提高鱼体营养价值，从而提高产业的整体品质，这样不仅能保证水产品质量和消费者的食用安全，更能提高水产品的鲜活度、口感和营养价值，还能节能减排，一举三得。
用科技指导渔业
日本是科技大国，敬业、严谨、诚信的科技精神也是有口皆碑。日本的渔业科研实力很强，研究内容很细，基础研究深入，应用科技具有很强的可操作性。作为渔业执法人员，给我留下最深刻印象的是日本的渔业科技的推广应用。农林水产省两名官员给我们介绍了日本的渔业情况，令人惊奇的是，他们都非常精通渔业资源保护的MSY、MEY模型，从渔种的生理特点、食用特性、经济价值讲起，一直阐述到洄游规律、管理要点，最后到国际渔业资源形势、日本渔业管理主张。日本水产科研机构比较完善，农林水产省有水产研究厅，下属以日本水产总合研究中心为首的16个国家级水产科研机构，40多个县（都、道、府）也都设有地方渔业研究中心和水产高等院校，并设有多所水产高中。这些机构不仅承担渔业科研、教学、传播渔业文化的任务，而且每年受中央、地方政府委派或者受渔业协同组合委托或者自发组织为渔民传授渔业知识，这种培训基本上都是公益性的，即使是有偿的，收费也很低廉。
此外，日本还有很多取缔船和水产科研船，除了国家渔业调整事务所和水产科研机构的，几乎每个县（都、道、府）都有自己的取缔船和水产科研船。
作为行政执法船，取缔船不仅具备行政处罚的资格，同时还具有现场观察、监测、规诫渔民的职能，并提供救援、法律咨询、渔场信息、气象服务、市场情报等服务，服务职能非常突出，威信很高。
水产科研船携带着先进的海洋气象、水文、渔业资源调查监测设备，通常全程跟随生产渔船，提供渔业生产的各种现场数据，帮助渔民判断渔场、研究捕捞方案、提高生产效率。
这样的执法船和研究船，是渔民的保护神，也是渔民的服务所、信息台、宣传站，更能为渔民带来好收益，很受渔民和渔业协同组合的欢迎。这也是日本海上保安厅始终无法取代或合并水产执法职能的重要因素。2008年9月份，我们参观了刚从太平洋跟随金枪鱼船回来的鹿儿岛水产研究中心的研究船“黑潮”号。据该船船长介绍，研究船随生产船在太平洋上工作了2个月，主要工作是根据温度、盐度、洋流速度和深度等指标指导捕捞船下钩。科研跟着生产走，生产在科研支持下大大提高了效率。“黑湖”的经费全部由地方政府保障，渔民也敦促政府支持，偶尔当地渔业协同组合还会捐款为该船维护修缮。
在对外交流中展示自我
和任何一个世界大国一样，日本非常重视在渔业方面展示自己的成熟与自信，树立开放先进的渔业强国形象。作为一个水产品自给率不足60%的国家，日本也非常重视收集世界渔业信息，从资源种群变动、水产品价格、供求关系等多方面分析，力图保持自己的渔业大国地位，保障水产品供给安全。
日本面向发展中国家长期坚持举办各种渔业培训班，实际上一方面是向外显示自己的实力，另一方面则是为了收集各国渔业资料为己所用。日本对中国和韩国的渔业情况尤为关注，日方设有专门的机构和人员收集并研究我国渔业信息，包括官方和民间的渔业网站信息，对我们的资源状况和管理对策动向了如指掌。据观察，日本实施TAC制度管理的鱼种都是日本近海局部洄游或定居品种，或者是日本东侧海域的洄游品种，没有对东黄海渔业资源实行TAC制度；对增殖放流品种尤其如此，这样资源养护效果仅仅利于日本国内渔民，难以造福中韩两国渔民。
但是，当前日本渔业也面临严重问题，主要是由于渔业经济在整个国民经济中比较效益下降，渔业对劳动力的吸引力下降，渔业从业者减少，渔业劳动力老龄化，导致渔业生产萎缩；另外年轻一代对水产品消费减少，国外进口农产品增加，导致渔业消费也逐年下降。目前日本渔业当局的紧要任务是恢复国内水产品消费、提高水产品自给率、保存渔业文化。为此，日本提出了倡导食鱼文化、提高水产工人待遇、录用外籍工人等对策。
总体来说，日本渔业管理经过近200多年的磨合，在经济总体跃升世界发达国家行列之后，在渔业资源养护、水产品质量监控、海洋和渔业环境监测、水产品加工和市场流通、水产信息收集等多方面具有十分独到的经验。
