日本在食品安全管理方面有一套比较完善的法律体系和行之有效的监管制度，其中，较有特点的是可追溯管理模式，以及重视企业的召回责任。
日本在1947年就制定了《食品卫生法》《食品卫生法施行令》等法律法规，规定了食品、添加剂、容器、标签和检查等方面的基本原则。近年来由于出现雪印集团乳制品中毒、疯牛病等多起威胁食品安全的事件，日本又于2003年通过了《食品安全基本法》，加强食品安全监管。
日本对所有农产品实施可追溯管理模式。日本农业协同组合（农协）下属的各地农户，必须记录米面、果蔬、肉制品和乳制品等农产品的生产者、农田所在地、使用的农药和肥料、使用次数、收获和出售日期等信息。农协收集这些信息，为每种农产品分配一个“身份证”号码，整理成数据库并开设网页供消费者查询。
农产品有了“身份证”后，可追溯管理模式就变得易于操作。食品供货链上的所有企业会陆续加入原材料、添加剂等信息，并有义务保管这些信息3年。在零售店里，每种产品都必须醒目地标出“身份证”号码，消费者可在店内的查询终端输入这个号码，查询到有关这一产品的生产和流通信息。
在可追溯管理模式中，农产品生产者向食品生产厂家供货前要签订合同，承诺提供的农产品信息完全属实，并受法律保护和约束。如果厂家发现原料有问题，就可以追究生产者的责任。以此类推，经销商也可以追究厂家的责任。
日本的食品监管还重视企业的召回责任。日本报纸上经常有主动召回食品的广告，比如遗漏了对过敏原的标记，企业就必须回收特定批号的产品，所产生的费用由企业承担，企业还要向消费者道歉。
东京农业大学客座教授中村靖彦说，企业在第一时间主动召回不合格产品是一种良性的自我保护行为，会因信息公开而赢得消费者信任。相反，企业如果忽视这个责任，出现问题后经媒体曝光，几乎就宣告了企业的破产。
