质量安全是产业发展的生命线。近年来，昌吉州在大力推进渔业产业化发展的同时，着力构建水产品质量安全网络，全力打造全疆最大的无公害水产养殖基地。
2008年，昌吉水产养殖总面积为39919亩，水产品总产量为14142吨，比上年增加1366吨。实现渔业经济总产值2.219亿元，渔民人均收入达到8600元，较上年增加1012元。全州七个养殖场的1.2万亩养殖水域和2万亩增殖水域的水产品获得国家无公害水产品认证，截至2008年底，共有4个养殖场（区）被命名为农业部水产健康养殖示范场（区）。
为确保水产品质量和市场渠道畅通，昌吉州水利局根据渔业生产特点，指导渔民开展无公害养殖，编印、下发了《昌吉州无公害水产养殖生产日志》，逐步完善养殖证制度。六工镇等地在指导养殖单位、养殖户建立养殖生产日志的同时，还建立了水产品质量安全工作台帐，使渔业安全生产各环节中有了一定的量化指标。
昌吉州水利局表示，2009年，昌吉将以渔民增收及渔业规模化、产业化为目标，以保证水产品质量安全为工作重点，推进无公害、绿色水产品申报、认证工作，使全州渔业无公害认证面积达到70%，水产品产量达到15000吨，将昌吉州打造成全疆最大的无公害水产养殖基地。
